1684年（康熙23年）台湾入清，首任分巡道周昌、知府蒋毓英倡修文庙，改建大成殿，合明伦堂称为台湾府学。其後历有整修加建，至1712年巡道陈璸大修以後，文庙仍为左学右庙规制。圣庙除大成殿外，加建大门称棂星门，门左右为文昌祠、土地祠。後殿建启圣祠，祠左右为名宦祠、乡贤祠，名宦祠之东为六德斋，乡贤祠之西为六行斋，非文学兼德行之士不得寓居。大成殿前为庭，有龙须沟，暴雨不积水，庭左右为东西庑。东庑之北为献官斋宿房，西庑之北为藏器库、庖湢所。棂星门前为庭，左右建墙垣，辟东西二门，分称礼门、义路，门常锁，非旦望及有事二丁不开。明伦堂前建头门，称入德之门，为台湾府学正门，门与堂间为庭，庭左右设六艺斋，堂後为府学教谕、训导廨舍。明伦堂东增设朱子祠，祀朱文公。朱子祠东南建大成坊，即今东大成坊，门额题「全台首学」，当为陈璸所题，而坊前之下马碑当立於此时。1715年陈璸又於棂星门前庭修濬泮池，集文庙诸水注於此，再西南流入福安溪，泮池前筑围墙。又以献官斋宿房在大成殿东於礼不妥，另建官厅於大成坊下，移献官斋宿房於此，原斋宿房则为藏器库，原藏器库则并入庖湢所，至此文庙规制大体完备。
陈璸大修之後，又有数次整修，规制亦有更易。在1777年（乾隆42年）知府蒋元枢大修以前，棂星门移至庙庭前，原门改称大成门。而大成殿内之奉祀增为「十二哲」，蒋元枢则增建泮宫坊。此後虽有整修，然更易不大。1889年（光绪15年）台湾府改称台南府，文庙改称台南府学，1895年日本治台初期，文庙曾充兵营与公学校，破坏甚大。1917年（大正6年）大修，拆毁部分建筑，即今文庙规制。1983年列为国家一级古蹟。
中文关键字： 圣庙 , 国学 , 陈永华 , 全台首学
英文关键字building temple , National Academy , Chen Yonghua , The first academy in Tawian
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