祖籍安溪湖山的李文元，因博学，擅长古文古辞闻名於中仑一带。1882年（光绪8年），李文元考中乡试举人，被清朝政府分配至江西瑞金县担任教谕一职，不过他并没有前往。1883年-1885年，清国与法国因为越南主权，爆发中法战争，战火波及台海及台湾北部，当时负责台湾防务的台湾镇总兵章高元，聘请李文元为幕僚，所有战务奏章及攻防移檄，均由李文元负责。中法战争结束後，他前往福建厦门，担任兴全永道周莲聘的幕僚，并於当地寓居。
李文元颇有文采，其着作收藏於《存真堂杂稿》十余卷；1902年该着作曾刊登於福州知名新闻报纸：《福报》。
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