生於清嘉庆24年（西元1819年）枋寮庄（今屏东枋寮），之後在清道光年间迁居至黎寮（今屏东内寮村），由於林家开拓沿山的土地，常与原住民频繁接触，因此林万掌不仅娶了力里社头目的女儿林李招为妻，成为番格（娶番妇为室，谓之番格），还以「林万记」为名，经营土地放租、织染、榨油生意。且林家数世也是维护三寮──枋寮、水底寮、北旗尾之治安的义首（义勇军首领）。
林万掌的武艺胆识过人，在财富与武力日益强盛下，深得清廷的赏识，如有不法之徒危害社会，均会檄调林万掌出兵镇压。在道光12年（西元1832年）闰九月，嘉义县匪徒张丙聚众滋事，戕知县、知府，围嘉义城，破盐水港，陷斗六门，而凤山许成、林海，南应张丙，攻凤山、夺罗汉门。而凤山粤庄奸民李受又乘间假义民旗，焚杀闽庄阿里港七十余处，蹂躏尤甚於许逆，所以凤山县令檄调林万掌出兵。道光13年（西元1833年）1月，总督程祖洛自厦门东渡，抵凤山，搜捕攻庄粤人及股首、旗首。据《凤山采访册》所载，总督程祖洛亲临阿猴，设计诱获李受解郡，程制军审拟凌迟。
先後共擒粤匪二百余名，分别斩配，不枉一人，齐声称快。而林万掌也因剿平粤乱有功，深受官府礼遇，获授「四品蓝翎」官阶。
咸丰3年（1853年）发生洪秀全、杨秀清等人率领太平军武装革命起义，林万掌的族弟林恭，却趁中国内乱无力来台，而联合北路的张古、罗阿沙等在4月发起武装革命。据《东瀛纪事》卷上之南路防剿始末所载，凤山知县王廷干於4月27日檄林万掌带勇入城防守，但其勇密通贼，乘势杀县令，据城反，万掌为其所胁，亦从之。但贼在5月2日攻郡城（台南府城）而败，万掌与义首王飞虎乘间救出县令妻子，脱归水底寮。6月3日官兵逼退林恭过二层行溪。6月7日官兵收复埤头街。6月29日林恭逃到水底寮。7月27日官军欲穷治其事，林万掌乃缚献据贼以谢，事始解。林恭於咸丰3年9月8日被剐刑而亡。
据说当时的英国领事Robert Swinhoe（译名史温侯，又译郇河、斯文豪），曾在咸丰7年（西元1857年）及咸丰8年至枋寮拜访林万掌。但林万掌於咸丰8年12月逝世，享年39岁。
由於清末时局混乱，盗匪猖獗，外传林万掌的子孙为避免被盗墓，所以总共建了七座坟，而林万掌真正的墓只有少数子孙知悉，而其夫人林李招的墓也被刻意避开，距离将军墓约1公里，夫妻墓遥相对望百余年。而在屏东县枋寮乡内寮村近80户林万掌後代，於民国99年（西元2010年）10月11日，决定起出林万掌遗骨，重建古墓，并将为林万掌夫妇建祠祭祀，发扬林万掌英勇平乱事蹟。?
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