植物考古学的发展，可以追溯到1890年晚期，美国科学家John Harshberger研究美国西南部印地安考古遗址上之植物遗留，他用民族植物学(ethnobotany)一词指称他的研究，并将民族植物学定义为研究土着对植物的使用方式。Volney H. Jones则在1941年他一篇有关於植物考强调民族植物学的研究，不应只是关注植物的使用，而是应该更广义的涵盖所有人与植物之间的关联，也就是说直到这个时代，ethnobotany是涵盖包括民族学或是考古学当面的植物研究，并没有清楚区隔。60年代丹麦Hans Helback引用古民族植物学(Paleoethnobotany)一词，指涉他在中东进行植物驯化起源的研究，但是在之後的二十年中，大多考古学者还是视其研究为民族植物学研究的一种。一直到80年代末，美国的Richard I. Ford介绍植物考古学(Archaeobotany)一词，专门指称考古学中关於复原以及监别植物的技术部分，以和涵盖范围较广的古民族植物学作区别。
植物考古学的分析，是试图去了解古代人类与植物至间的相互关系。植物考古学可以回答的问题包括，早期人类对於植物性食物的选择、植物栽种的起源、农业的出现时机等，此外也可用来判定某个遗址的性质，或者是分析遗址周边的自然条件和生态环境等。
在实际的应用上，植物考古学也发展出其独特的研究方法和技术，其中包括孢子花粉分析﹐“浮选法”﹑“灰像法”和“碳－13(13C)测定”等方法。
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