1597年，福建沿海遭倭寇之患，沈有容复出，任福建海坛把总，以单舟夜袭并掳其首领，是为闻名於闽海的第一役；1600年移镇福建浯屿，不久调任石湖镇钦依把总。
1602年11月，受命筹谋讨倭事宜，随即加紧战备、战技的训练，并招募渔民至东番（今台湾），实地绘图而归，得知今嘉义至屏东一带沿海均有小岛可停泊，即使深冬亦可进出；乃於12月上旬，率领船队21艘，夜袭东番岛上之倭人，焚毁倭船，斩首15人，俘虏370余人，闽海倭患暂平。
荷兰於1602年成立联合东印度公司，并派遣韦麻郎（Wybrant van Waerwyk）来亚洲开拓市场；1604年韦麻郎率舰东来，谋与明朝通商，中途遇风而抵澎湖；当时澎湖汛兵已撤，荷舰遂於澎湖伐木筑舍，作长久据守之计，沈有容以数十艘兵船部署海上，自己单独搭船登陆澎湖，劝退韦麻郎；事後，时人於妈宫（今马公）立「沈有容谕退红毛番碑」，以志其功。
沈有容谕退韦麻郎，关键因素有三：（一）交涉前已有军事准备，当时荷兰船只只有3艘，无法硬取澎湖；（二）曾有夜袭东番倭船的战绩，让荷兰人有所顾忌；（三）最後发生作用的是双方的协议：明朝虽不许澎湖作为互市之地，但可提供军用物资相助，在中国版图之外另觅可泊之港，和议有利於韦麻郎。
由於一连串的海上功勳，1606年被拔擢为浙江都司佥书，後又从浙江游击迁温处参将。1616年海上倭患及盗患再起，在福建巡抚黄承玄力邀下，出任定海参将；1617年，有倭寇出没於东沙，沈有容以计擒69名倭寇，论功暂代副将。1618年重新规划浙海防务，招安数股海盗，强化防务。
1619年明朝在东北遭杨镐丧师之败，1620年沈有容以65岁高龄升任登莱总兵。虽竭尽心血，但力有不逮；1624年以年老乞归，1628年（崇祯元年）卒，赠都督同知。
中文关键字： 陈第 , 东番 , 韦麻郎
英文关键字Chen di , the eastern barbarians , Wybrant van Waerwyk
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