自清康熙22年（西元1683年）8月清领时代启端迄清光绪二十一年（西元1895年）4月台湾割据给日本止，计清领台湾212年。由於清廷认为台湾只是中国沿海四省的屏障，其经营倾向消极，着重於防范，以避免台湾再成反清基地，又因许多来台官员贪污贿赂横行，求无过不求有功的消极心态，三年期满，俾便早日返回大陆。所以就有如清乾隆年间，台湾知府孙景燧亏空国库，以公肥私，而总兵柴大纪任职两年，贪污所获更高达五、六万两等贪婪之吏。道光末年的分巡台厦兵备道徐宗干就说：「各省吏治之坏至闽而极，而闽中吏治之坏至台湾而极」，沈葆桢亦说：「……官以吏胥为爪牙，吏胥以民为鱼肉……」。至清同治5年（西元1866年）闽浙总督吴棠业也在呈清廷的奏摺中说：「民忿官之贪庸也，乃相率结合私斗，成巨案，谚云：『十年一大反，五年一小反 』大概由此。」而福建巡抚丁日昌在清光绪2年（西元1876年）的奏摺中也说：「台湾吏治，黯无天日，牧、令能以抚宇、教养为心者不过百之一、二，其余非性耽安逸；即剥削脂膏；百姓怨毒已深，无可控诉，往往挺而走险，酿成大变，台湾所以相传有『无十年不反』之说也！」
就因为这样，所以当时台湾怎麽不官逼民反、官激民变，因此在满清统治台湾的二百一十二年间，可算为「大反」之类的抗暴，已有了三、四十起，而有计录可寻的武力抗争共计有一百三十八案之多。而大多是以对清政府在台的卑劣行事，在投诉无门的情况下，只好以卵击石，不计後果的诉诸於武力解决，而形成的反清。在这一百三十八案之中，大部又和郑成功、陈永华所创立的「洪门天地会」地下组织有关，甚至有一部分是由天地会发动并直接指挥的。
天地会，为明末清初的民间秘密组织，以「反清复明」为宗旨，因为成员都「拜天为父，拜地为母」，故称作「天地会」。但天地会成员对内称为「洪门」，据说郑成功之所以取名为洪门，因明太祖的年号是洪武，又因洪字为「汉」字去掉「中土」，即是失去国土之意。而据『洪门志』云：「郑成功据守台湾，推进汉留组织，开山立堂，定名为金台山，明伦堂；并遣蔡德忠、方大洪、胡德帝、马超兴、李式开等，向中原发展。」，所以「金台山」明伦堂是洪门在台第一山堂，也是取金台招贤之意，而郑成功自为龙头亦即「山主」。
康熙元年，郑成功逝世，军师陈永华化名「陈近南」，继续暗中推行反清复明的活动，并倡议洪门对外称为天地会，陈永华成为天地会的总舵主，天地会上下则称创始者郑成功为「万云龙」或「万大哥」，「万」便是千千万万人，「云龙」是云从龙，意指千千万万人保定大明天子，恢复我锦绣江山。所以天地会是由台湾传至福建，再由福建传至浙江，又至江苏、江西、广东、广西，以致全国。
天地会曾参与许多反清事件，如在台有朱一贵於康熙六十年起义，七日即占领全台湾，就是借洪门天地会的力量。在乾隆五十一年（西元一七八六年）十一月二十七日，更爆发满清统治以来规模最大、范围最广的反清事件，史称「林爽文事件」，也是天地会所为。之後戴春潮等武装反清事件，其组织也是天地会。至乾隆中叶，由於清廷追踪甚严，遂转入民间，後演变为多个名称不一的地下社团，
如洪秀全在广西金田村举兵所称的太平军，成立太平天国，亦得力於三合会，而三合会便是洪门天地会别名之一。而孙中山1903年末，於檀香山推展革命事业时，藉由其叔父钟水养的介绍拜入檀香山洪门致公堂，三合会首领介绍入会，并任洪门大陆山山主，创立兴中会，使洪门天地会成为推翻满清的主力之一。
天地会至今有三百多年历史，目前仍然存在民间及海外华人之中，遍及全球。西元1992年7月28日在美国举行第3届世界洪门恳亲大会，经来自世界各地的100多位代表两天讨论，通过总会章程，宣告成立世界洪门总会。首届会长李志鹏，总会设在美国檀香山。而在台湾，「南华山」山堂於西元2004年1月11日，在内政部登记成立「财团法人国际洪门中华民国总会」，从此拥法人地位，为一般民间团体，投入社会公益活动。
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