澎湖群岛在考古学研究上，被认为具有以下的特殊条件：其一，澎湖群岛中大多数的岛屿面积都很狭小，提供了一个易於掌握的研究区域；其二，澎湖群岛的自然环境甚为特殊，是研究人地关系的好场所；其三，澎湖群岛位於大陆东南海岸和台湾本岛两地区之间，可探讨两地区之间的关系。臧振华为其调查计划拟定三项主要的目标：(1)建立澎湖群岛古代文化的年代层序；(2)探讨澎湖群岛古代文化的适应型态和变化，包括生业型态、聚落型态与交易型态三方面；(3)试求解释和重建澎湖群岛的拓殖过程。
此研究计划首先完成了澎湖群岛之中三十二座岛屿的调查，其後进行数个代表性遗址的发掘工作。调查总共发现九十一处遗址，其中五十二处为史前遗址，三十九处为历史时代遗址。在史前遗址中出土的文化遗物，以陶器和石器为主，若干遗址亦出现骨器和贝器。陶器可分成粗绳纹陶、细绳纹陶和素面红陶等三个主要类型，分别出现於不同的遗址和文化层，因此推论不同陶器应该具有着文化年代层序上的意义。
而综合菓叶A等遗址经发掘而得到的考古资料，根据器物形制的分析、层位证据、以及大量碳十四测定年代，研究者为澎湖群岛建立出一个文化年代学的层序：以粗绳纹陶为特徵的菓叶期(4600-5100B.P.)、以细绳纹陶为特徵的锁港期(4300-4700B.P.)、以素面红陶为主要特徵的赤崁头期(4000-4200B.P.)、及进入历史时代以汉式器物为特徵的莳板头山期(A.D.9-14)。
从现有的资料来看，澎湖的史前文化，基本上与台湾西南海岸地区的史前文化有着较密切的关联，臧振华相信台湾西南海岸是澎湖史前文化的直接来源地区。此外，澎湖菓叶期A和锁港期的史前文化，似乎也与大陆广东、福建沿海同时期的史前考古文化有所关联，臧振华认为此显示二者之间极可能有相当程度的接触。
这些史前文化的人群，生业上相当仰赖海洋资源如贝类、海藻与鱼类，直至历史时期生业才从海洋取向转变为海洋与农畜混合的取向。澎湖群岛的自然资源甚为稀少，除了海中生物和玄武岩石材之外，当地缺乏粮食和各种材料，因此长期以来，人们必须从其他地方输入物品。考古证据显示，澎湖出产的玄武岩石材当时在台湾西海岸中南部有很广大的需求，而台湾的陶器和玉器，也输入到了澎湖。聚落型态方面，澎湖的遗址可约略区分成临时性和固定性的聚落，两种都沿着海岸呈线型的分布，并没有明显的阶层性。