（一）政治方面
1683年，郑氏时期末代延平郡王郑克塽降清。清廷平定海外的抗清势力後，原拟「迁其民而弃其地」，扼守澎湖以为屏障，後因征台有功、熟习台湾的靖海大将军施琅，上疏力陈台湾弃守之不当，遂收台湾入版图，置台湾府，设台湾、诸罗、凤山三县，隶属福建省，设官分职以治台。文官设正四品的台湾道，武官设正二品的台湾镇总兵官，为台湾最高的文、武官，同驻台湾府城（今台南市）。随着汉人陆续来台拓垦，清廷因应治理之需，1723年（雍正元年）将行政区划由1府3县改为1府4县2厅，1812年（嘉庆17年）改为1府4县3厅，1875年改为2府8县4厅，1885年台湾建省後再改为3府1州11县4厅，府设知府，州设同知，厅设同知、通判，县设知县。
台湾建省後最高长官为巡抚，下设布政使，以彰化桥孜图（今台中市）为台湾省会，因省城未建好，且巡抚行台设在台北， 1891年邵友濂接任巡抚後，乃将省会改设於台北。1894年清廷与日本因朝鲜主权问题爆发「甲午战争」，大败，1895年4月17日与日本签订「马关条约」，割让台湾以求和，台湾士绅拥台湾巡抚唐景崧任伯雷玺天德（President，即总统），成立「台湾民主国」以抗日。但因「马关条约」已换约，清廷复命文武官员回福建候缺，民主国失去凭藉；而来台接收的日军火器精良，台湾义勇军虽在全台各地抗日，然大局已定，势难挽回。6月17日，首任台湾总督桦山资纪在台北举行「始政式」，象徵日本领有台湾的开端；由北白川宫能久亲王率领的近卫师团南下镇压抗日军，日本并增派援军由嘉义布袋、屏东枋寮二路进击，10月23日大军进占台南市，初步削平台湾人的反抗势力。此一台人的抗日军事行动，史称「乙未之役」，吴德功撰《让台记》，对於此役详为记载。
清廷治台期间，在北京的中央政府透过两种管道与台湾来往，一是由同省的福建（小部分广东、江西）调派绿营兵来台；一是在台设置文教机构，如府儒学、县儒学与各地书院，令有志於科考者循着府试（台湾府）、乡试（福州省城）、会试（北京）、殿试（北京），逐步取得生员、举人、进士等功名，进入官僚体系。除了一般文科考外，武科出身者亦能跻身台湾社会领导阶层。这一条士子竞逐之路，也使清廷中央、省区和僻处海隅的台湾，有一定的来往管道，而经由科举制度及政府的宣导，使台湾能由移垦社会渐成文治社会，并减少抗清的民变。
在维护社会安全方面，清廷将绿营兵抽调来台，分班调换，三年期满，称为班兵制。共1万名，分为10营，以镇标3营为主力，班兵中至少1/3是分驻在各地的汛塘兵，担任治安、守备任务。班兵员额在道光年间最多，共1万4千人，此後绿营战力渐趋疲弱，遂有同治年间的裁兵加饷、光绪初年的裁兵，到1893年仅剩2,400人。绿营额兵减少，新兴武力勇营，以及1787年林爽文事件後设立的4,000名番屯丁，这两支武力取而代之，成为清朝中叶以後安定社会、抵御外侮的主力。
勇营来自各省，而有湘勇、楚勇、淮军、河南兵（广东珠江以南募来的兵）之名，通称客勇。大抵为开山抚番、镇压原住民，或为抗法、抗日而来。台湾人组成之武力则有土勇，其战力有足称者都与雾峰林家有关；另有台勇，是林文察带%