两国论的基本主张是：50年来，台海两岸隔海分治、互不隶属，中华人民共和国从未统治过台湾，没有理由主张台湾是其领土；而中华民国透过1991年的修宪，已将宪法的效力限缩在台澎金马，并承认中华人民共和国在中国大陆统治权的合法性。加上1991-1992年国会全面改选与1996年总统直选，其所建构的国家机关仅代表台湾人民，国家权力统治的正当性也仅来自台湾人民的授权，与中国大陆人民完全无关。
就中华民国政府而言，1991年终止动员戡乱时期，是结束长期以来将中华人民共和国政府视为叛乱组织的关键一步。而制定宪法增修条文，一方面持续宣示中华民国为主权独立的国家，也承认中华人民共和国统治中国大陆的现实。
就现实而言，1971年联合国决议由中华人民国共和国继承中华民国在联合国的席次後，国际上「一个中国」指的是中华人民共和国。中华民国不再被视为中国的代表，在国际上屡有被中华人民共和国继承的现象，使中华民国的存立问题面临严苛的考验。而两国论的提出，是中华民国政府终结「国共内战」，并反对中华人民共和国以国共内战的架构主张继承中华民国政府及领有台湾。
因强调台海两岸是对等的政治实体，中华民国是主权独立国家，而中华人民共和国也是主权独立国家，是从原本的中华民国统治之下分离、成立，两国的关系就是特殊国与国关系。
李登辉虽提出两国论，但在2000年5月卸任前并未进一步修宪规定两岸特殊国与国关系。历经2000年、2008年两次政党轮替，马英九於2008年就任总统後，则提出地区对地区的一国两区定位台湾与中国大陆的关系。
中文关键字： 李登辉 , 中华民国 , 中华人民共和国 , 两国论
英文关键字Lee Teng-hui , Republe of China , The People's Republic of China , Two-Nation Theory (Two-State Theory)
参考资料