其实考古学上所称的玛瑙珠有时候并不只是玛瑙做为材质的珠饰，还包含了红玉髓材质的器物，这是因为在地质学的概念里，「玛瑙和肉红石髓（红玉髓）都是玉髓的一类，都是二氧化矽的胶溶体」（夏鼐1974），两者不同的地方在於：肉红石髓基本上所包含的部位都只有一个颜色，而玛瑙则会有不同颜色的层纹。这两者的本质是一样的，如果从玛瑙不同的层纹中，撷取其中一块单一颜色的部分就变成了红玉髓，所以过度严格的区分两者的差别在进行考古学讨论的时候并没有太大的意义，所以通常都用玛瑙来代称上述两种材料。
关於玛瑙珠的来源以及技术也是台湾以及东南亚考古学界感兴趣的问题，这是因为台湾本身并没有玛瑙或红玉髓的矿产，所以玛瑙原料或者玛瑙珠本身势必是从其他区域传入的。台湾的玛瑙珠从哪里来？这个问题要放到东亚区域的框架来看，其中印度是全世界最主要的玛瑙与红玉髓的产地，从五千年前就有制作玛瑙珠的传统，并且分别向西传到地中海与西亚地区、向东传到东南亚地区，所以玛瑙珠可说是古代印度与其他地区贸易与文化交流的重要考古证据，也有可能因此从东南亚进入台湾。除了印度，东南亚区域包括印尼与泰国都有玛瑙的矿源，也有当地制作玛瑙珠的考古证据，当然也有可能就近输入台湾。而玛瑙珠传入台湾的路线与管道为何、是哪些人在进行「进口」玛瑙珠的活动、玛瑙珠如何流传到台湾各地、对原住民族群而言玛瑙珠如何使用、意义又是什麽？这些问题每一个都必须从玛瑙珠本身去找答案，而所得的结果却又可以反映出区域文化交流互动的缩影，因此可以说相当重要又有代表性。
综合以上的概念，再回归到台湾考古发现，不难理解为什麽玛瑙珠的出土都在距今千年以内的历史时代遗址或旧社遗址，因为新石器时代缺乏矿源而交易的网络又还没有建立，自然不会出现玛瑙珠这种器物。而台湾目前发掘出土丰富玛瑙珠的例子，比方台中的鹿寮遗址、宜兰的淇武兰遗址、台北的十三行遗址等，这两个遗址分别代表了几百年前生活在台湾中部与东北部的两支平埔族群：拍瀑拉族与噶玛兰族，也可以说是考古发现与文献的再一次印证。
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