不过，直到乾隆五十五年才挑选出屯丁、屯弁，并且划定好各屯的范围。当时再度清查的结果，番界之外可供开垦的荒埔实际上共有五千六百九十一甲，每名屯丁各分得一甲或一甲余不等、屯千总各分得十甲、屯把总各分得五甲、屯外委各分得三甲的养赡埔地，剩下的六百二十一甲余则另外招人开垦、收取田租以作为屯务公用之费。此外，由於养赡埔地还需要开垦一段时间後才有收获，为了照顾屯丁的生计，又将清查出的汉人在界外非法开垦的零星田园三千七百三十余甲作为「屯地」，徵收由粟谷折合成番银的「屯租」，除了部分作为隘丁口粮及佃首辛劳银之外，尚有番银三万九千二百一十一圆拨给屯丁、屯弁作为「屯饷」，屯丁每年各得八圆、屯千总一百圆、屯把总八十圆、屯外委六十圆，剩余的五千九百七十一圆则作为屯务公用之费。并且增修各项执行细则，正式实施番屯制。
设置养赡埔地的原意是由屯丁自己耕种，并且规定不准私行典卖，但是常因养赡埔地距离屯丁居住的番社过远、开垦不易，所以准许其提出申请之後可以招徕汉人佃户耕种，而实际上非法典卖或是遭受侵占的情况也很常见。屯饷则常因汉人佃户欠缴、抗缴而不能按时、足额发放，或是被官弁吏胥苛扣侵吞，造成屯丁生计上的困难。
虽然番屯制之下的熟番战力在平定台湾乱事、防御生番、开山抚番等方面都曾发挥一定程度的辅助功能，但是官方经理的不善使得屯务日渐废弛，屯丁因为经济压力而有逃亡的现象，或是沾染恶习而腐化。
光绪年间台湾巡抚刘铭传曾对屯丁的汰弱补强、抽调换防、统带操防等方面加以改革，但是将养赡埔地与屯地改为必须纳税、并且开放养赡埔地典卖的措施，对於番屯制的财源问题而言并无法获得改善。
清廷为了利用熟番武力协助维持社会治安而设置的番屯制，最後也随着台湾割让给日本而告终。
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