真正实行闭关锁国的禁海政策的是在清朝。其具体做法是，将福建、广东、浙江、江苏、山东、河北6省沿海及各岛屿的居民内迁30-50里，在沿海一带形成一个无人区。清政府的目的，就是利用这样的隔离，来彻底隔断台湾郑氏集团与中国大陆的经济联系，使其既不能与大陆进行贸易活动，获取大陆的商品和军用物资，又无法向沿海居民徵收粮饷从而在经济上完全陷入困境。
康熙二十二年（1683年），清军攻取台湾，实现了全国统一。在此形势下，康熙帝於次年谕令各省，认为海氛廓清，先前所定海禁处分条例可尽行停止，海禁遂开。然而，康熙虽然认为「船只出海，有裨民生」（《康熙起居注》第一册，第588页。中华书局版），开海可使「穷民易於资生」（《康熙起居注》第一册，第592页），但这一政策并未维持下去，他出於政治考虑，仍长期以「海禁不可轻开」为念（《清圣祖实录》卷77，康熙十七年九月丙寅）。
在康熙五十六年（1717年），清廷再颁南洋禁海令，规定内地商船不准到南洋吕宋（今菲律宾）和噶喇吧（今印度尼西亚雅加达）等处贸易，南洋华侨必须回国，澳门夷船不得载华人出洋。同时加强海路限令，严令沿海炮台拦截前往船只，水师各营巡查，禁止民人私出外境。直到雍正初年，福建、广东等省才又陆续开禁，但清廷同时下谕称，贸易外洋者多系不安本分之人，嗣後外出应定期限，若逾期不回者，是甘心流移外方，无可悯惜，之後不许再回内地。
禁海令是清政府从以农为本的思路出发，对工商业充满了恐惧，亦很少考虑沿海居民出海贸易的需求。清朝正值世界贸易迅猛发展时期，而禁海令则严重隔阻了中外之间的商品、文化交流以及国内工商业的正常发展，严重破坏了沿海的经济。
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