清光绪二十一年（西元1895年），中日甲午战争清廷战败，被迫签定马关条约，将台湾割让给日本。虽日本人从清廷的手中取得台湾的统治权，但当时台湾的汉人对於日本人治台有强烈的反抗心理，从南到北都有抗日的游击队，日本人将抗日的台湾人以土匪称之，若发现有反抗的意图的人，则将可疑的村庄成年男子全部杀光。这种宁可错杀一百不可放过一人的残忍手法，就名之为「清庄」。而「笔秀清庄事件」就发生在西元1896年12月18日，也正是日本人为搜捕抗日可疑份子，而在各地进行户口调查的紧张时期。
而笔秀清庄事件的肇因就是当时笔秀村有位名叫「李芋」的年青人，平日无所事事，仗着一身的蛮力，常欺村民，一副地方恶霸的模样。就西元1896年的12月18这天，李芋依旧在村内闲晃，却遇见一位身穿红衣的日本人，日人见他行迹可疑，於是上前盘问。李芋却对他盘问不理不睬，转头就走。但没想到这个日本人见李芋态度高傲，就对李芋怒叱了句：「清国奴，你给我站住！」，李芋一听，不禁光火起来，返身抓起了那日人，狠狠地赏了他几个耳光，并用牛绳将他绑在田边的榕树上，将他身上值钱的东西搜括一空。
之後那日人挣脱束缚，逃到阿公店宪兵营报讯，隔天，日本宪兵就带着大队人马前来搜捕李芋，首先就到士绅李宗溪家中盘问李芋的下落，李宗溪曾是清朝武举人，为人重承诺守信义，虽知李芋平时为人恶劣，但仍基於保护自己村民的立场，不愿将他举发。岂料日本宪兵竟入村将所有年满18 岁以上的年轻男子一律逮捕，带至村郊的庙堂前，施加酷刑随後枪杀，被处死者计有八十多人，日後即被称为「笔秀清庄事件」。
清庄之後不久，李芋以为没了危险才回到村内，虽然眼见村内所有壮丁被枪杀，李芋却仍不改本性，不但没有感到惭愧，甚至还口出恶言污辱村中妇女。村民不禁大怒，而将李芋逮捕後交由阿公店宪兵营处决，笔秀清庄事件才告结束。?
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