此遗址为刘益昌1982年发现,1990年臧振华、刘益昌等人因执行台湾早期汉人及平埔族聚落的考古学研究计画时,曾调查过此一遗址;1995年臧振华等人执行内政部委托之台闽考古遗址调查计画时又再一次复查雷厝遗址。当时调查的结果,遗址仅受耕种及排水设施而造成少许的破坏,在遗址北侧的圳沟内可见不少遗物分布,但文化层的分布仍不详。采集而来的文化遗物有橙色夹砂陶,为罐形器,其器表以素面为主,纹饰可见浅拍印条纹;另外亦可见有青花瓷、汉人硬陶。2000年,雷厝居民於田里翻土耕地时,挖出不少陶瓷器、贝壳及人骨等遗留,为了进一步了解雷厝遗址地下文化层的堆积状况,中央研究院历史语言研究所刘益昌先生於2000年7月间进行了试掘工作。该试掘工作共发掘了三个2m×2m的试掘坑,出土的文化遗留相当丰富,有史前陶片、瓷片、硬陶、瓦片、铁器、玻璃珠、玛瑙珠及骨珠等文化遗留;另外还有兽骨(鹿)、贝壳等生态遗留。从灰坑出土的木炭进行碳十四年代测定的结果,显示此遗址的年代相当於中国明代初年至末年,初步推测此遗址应为猫儿干(崁顶)文化,主要分布在浊水溪冲积平原地区,金属器时代最晚期的史前文化,年代可能在距今1000年开始,延续到历史时代初期才逐渐消失(刘益昌、颜廷伃2002、2004a、2004b)。
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