1652年增设二十八宿营。1654年又设金武、木武、水武、火武、土武五行营,1657年改护卫五镇为宣毅五镇,以上各镇营为一般水路两栖之野战部队。特种镇营则有马兵之北镇、铁骑镇,火器之神器镇,为配属部队,极少单独出征。
1659年郑成功南京大败後,兵镇大幅缩减,裁减提督一级,五行镇营同时消失,应已裁撤。二十八宿营亦所剩无几。1661年4月郑成功东征台湾,1662年6月逝世,此一时期在台湾屯驻之镇营,台湾本岛未见宣毅五镇,然在澎湖或金门、厦门则见之,当以宣毅五镇戍守外岛,至於新成立之兵镇则有护卫镇,系收编荷兰之仆奴乌鬼为兵,手持步枪,守卫延平王府,或可视为亲军卫镇。
1674年郑经率师西征,军队扩充甚速,除原有诸镇外,增设果毅、建威、扬威、折冲、龙骧等系统兵镇以及五义镇,唯时设时废,为权宜之策。西征失利退回台湾後,新设兵镇可查者,仅有守护陈永华坟茔之果毅後镇。
镇营之编制,一般为每镇统辖五营,亦配属火攻营等。营之下有翼,每翼统辖兵力,当较亲军卫之正领班少,或不及百人,由此推测每镇人数在2,000人左右,而左右先锋镇或可达2,500人。
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