简单的提及山田烧垦的流程，大致可分为下面几个步骤：择地、砍伐、焚烧、筑田舍、开垦、种植、保护、收获、休耕。
在原住民决定要开发新垦地的时候，最重要的就是选择适当的垦地，因为山田烧垦农业在耕作的时候，是不刻意施肥的，因此原本土壤的地力、光照与风向等先天条件就格外的重要。垦地的选择通常都选择在部落的领域之内，村落与森林之间的山坡地上。
选定好垦地之後，会先在垦地的四周清理出约两公尺宽的边界亦充当防火线。然後用配刀将垦地之内的灌木与树木砍下铺於地表。然後放火将砍下的木材与杂草焚烧以清理垦地，焚烧过後的灰烬，就直接地成为最好的天然肥料。且垦地经焚烧之後，地温提高，可以驱除害虫，并且减低因落叶堆积所产生的有机酸酸度，有利於未来的耕作。在垦地焚烧完後，静待数天让其冷却，原住民便会在垦地旁建筑简单的田舍，作为农务的休息之所。然後开始重要的整地开垦工作。
整地的时候，由於植被已经烧尽，主要的工作是捡石与堆石。由於大部分的垦地都是山坡地，因此将垦地当中的石头集中堆起，除了方便耕作以及扩大种植面积之外，最主要的功能是作为开垦成旱作梯田时防止水土流失的石堤。越是倾斜的垦地，石堤的高度就需要堆得越高。并且在石堤的周围种植瓜类作物，其茎藤在石堤上蔓延，一来利用堆石之间的空隙，二来可以巩固石堤。从砍伐到开垦是最辛苦的阶段，需要投入大量的人力资源，部落里通常会发展出换工团体，以维持垦地时大量人力的需要。
垦地完成之後，则开始种植作物。作物是采取混种的，一般是采用高茎作物与短茎作物相配合，以确保全年皆有收成。如粟（小米）与甘薯或芋头混作，或者陆稻与甘薯混作。主作物粟可以耐各种气候且长年保存，而甘薯则较无丰凶之差，有备荒的效果。混作时，甘薯的藤蔓有助於防止土壤流失，确保主要作物粟或陆稻得以充分滋养，且甘薯的土壤适应力强，既使在地力将耗竭的最後一年栽种，也能生存而达成充分利用地力。
山田烧垦的开垦、种植与收获，都不需要特别的农具，多半只使用简单的掘棒、手锄、配刀。配刀可用来割穗与砍伐。掘棒与手锄种植时用来翻土与埋入种子，收获时用来挖掘作物。
当一块土地按照这样的流程种植二到五年之後，由於不特别施肥的关系，地力会耗尽。而需要休耕，并重新寻找新的垦地。休耕的土地，则待数年之後，等其地力恢复，再重新的回来开垦。为了帮助休耕的土地恢复地力，各族都有在休耕地上造林的习惯，如排湾族会种植相思树，泰雅族会种植赤杨、榛苗。
通常来说，进行山田烧垦经济的部落，每家户都会有小型的垦地，进行轮耕。不过开垦往往还是经常性的工作，因为即使休耕使地力恢复，但人口的增加还是会逐渐的增加垦地的需求。
过去曾有质疑，传统的山田烧垦是否会破坏森林？其实森林并非原住民的农作的主要活动范围。日治时期营林局於浊水溪上游地区的调查书中指出：「森林与蕃人没有直接的交涉，其间尚有草原地」原住民对於森林的利用，主要是采集蕈类、茯苓以及打猎为主，农耕活动主要都在部落周围的山坡地，故山田烧垦的农业型态，对於森林保育并无冲突。
山田烧垦是一种精巧的农业平衡系统，其适应是顺服於自然环境。其农作型态模拟热带雨林，种植的作物种类繁多，并且行间作的方式。是一种植物种类普化（generalization）的农业。垦地农作物的养分来源，主要来自於原本的土壤地力，以及原有植披焚烧腐化後的养分。垦地并且具有一种紧密的覆盖结构，以减少阳光、水等的侵蚀。并且透过适当的植林与休耕，涵养地力。传统上，台湾的原住民都是采用山田烧垦的农业型态，一直到日治时期，保留地（准要存置林野）的划分，使得原住民的传统休耕地与轮耕地大减。传统部落领域遭压缩，烧垦所需要的耕地面积不足，日治当局采取迁移部落解决问题时，基於经济与发展的考量，而改采水田中心主义。并由於资本主义的介入，使得山田烧垦自给自足的生产模式受到挑战。山田烧垦的农业型态因此大为减少，但直至1970年代为止，依然有零星的部落，以传统山田烧垦的农耕方式进行农业生产。
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