自东汉中晚期起，民众生病或面对疫病，除了求助于医术或巫术外，亦有新的选择---找道士或憎尼。在当时出土的文物图像中，无论「神兽镜」还是「画像镜」，基本上都反映出时人对疫病和死亡的恐惧，对于神仙、不死的憧憬，以及对神兽、神人和巫术的信仰。
道教的发展之初，以疗病做为吸引信徒的主要手段，如：东汉天师道张道陵的崛起，在于强调治病的「玄、素」之道。对部分疾病的治愈，着重「首过」的治疗仪式，要求病患先忏悔自己有生以来所犯的种种罪过，将其写于纸上，投入水中，并向神发誓永不在犯。
在疫病广布的年代里，诸多道教经典致力于解释疾病和瘟疫的起因与原由。如：《太平经》全书主旨在陈述「治病」和「治身」之道，希望修道之士和有德之君能奉行书中所说的道理，使天下太平，人民长寿安康;书中所论及的「治身之道」，依据修练者的资格和秉赋，可以发挥治病、长寿及成仙这三个不同阶级的功效。
不少道家经典对治疗疾病的方法有所著墨，就医术而言，《太平经》就相当肯定使用方药和针灸的方法治病。同时，书中也指出，使用草木和生物作为方药，是因为这些方药中有鬼神之力，可以治病。在这方面，道家与医家的看法很不一样，道家倾向将疾病的发生，归因于鬼神的「病因论」。
关于大规模的瘟疫，依据汉代《太平经》的解释，认为疫病的发生，是上天派遣神鬼至人间降灾。至六朝，道士对疫病发生的解释，提出一套较完整的说法，以及「末世论」的概念。如：道教早期的戒律书《女青鬼律》，沿袭汉代「五方疫鬼」的概念，进而对提出疾病的发生乃因五方鬼主所致，各鬼主各自掌管某一种疾病，可以带领万鬼施行瘟疫，这也成为后来中国民间「五瘟神」信仰的主要根源。东汉以后的道家经典对疫病的解释，都没有脱离《太平经》所陈述的一些基本观点，只是每部经典强调的重点各有不同，或是对某些观念更进一步阐释或发挥。
西晋末年(约西元307-316年)，天下大乱，饥荒四起，疫病流行，导致大量民众染病丧生。当时金潭马迹山道士王纂，有感于百姓之苦，便在静室之内，祷告以求神助。据闻，三天之后，感动太上道君，赐予《神咒经》，教他相关治病科仪。王纂于是以「神咒」和「斋醮」在江南一带替人治病，疫病因而消弭。
初期道教的医学，着重以导引、按摩、服药饵和炼丹术替人治病;至六朝，一些道教徒开始强调「养生术」对疾病的治愈。例如：陶弘景所编的《养性延命录》一书，对服气、导引、按摩、生活起居和饮食等方面，必须遵守的禁忌，皆有记载。
道教利用符咒治病的情形，亦时有所闻。如唐初的道教医者孙思邈，在《千金翼方》中有〈禁经〉之部，收录了许多早期道士治病的禁咒，可以利用这些方法治疗：虐病、金疮、蛊毒、邪病、恶兽狼虎所伤、蛇毒等疾病。又有像「禁时气却疫法」的咒法，其咒语源出天师道，其咒语如下图，据说只要每天念十遍这则咒语，便不会感染任何的疫病。
宋代道教医学的一些主张不同以往，全真教创办人王重阳，主张绝对禁欲作为修练的首要条件，不同于六朝以来着重男女合气之术;而摆脱传统神仙之说，追求超然客观现实和充实完美的精神生活，被视为避免染病、健康长寿的最终目标。