曾觌任职期满后，按例当轮换一个职位，陈俊卿打算任命他为浙东总管。孝宗说：“曾觌的意思似乎不想担任此职。”陈俊卿说：“此前陛下赶走了龙大渊、曾觌二人，大家议论起都很高兴。希望陛下去除个人的私情，伸张正义。”曾觌不高兴地离朝任职。枢密承旨张说为亲戚索求官职，害怕陈俊卿而不敢开口，恰巧陈俊卿休假，张说便向虞允文求官，得到了官职。陈俊卿听说敕令已经要发出，吩咐属吏把它扣留下来。张说惶恐谢罪。虞允文也面有愧色，但还是为张说的亲戚请求一个官职，陈俊卿始终不允，张说深以为憾。吏部尚书汪应辰与虞允文议事时意见不合，请求离朝，陈俊卿多次奏说汪应辰刚强正直，可以出任执政。孝宗最初与陈俊卿意见相同，但最终还是任命汪应辰为平江郡守。从此孝宗偏向虞允文，陈俊卿也多次请求离朝任职。
乾道六年(1170年)，虞允文又重申向金索求北宋诸帝陵寝之事，孝宗亲自写札告诉陈俊卿，陈俊卿奏道：“陛下十分思念祖宗，想恢复故有的疆域，臣虽然愚钝无能，难道不知道热情赞扬陛下的计划，然而对于大事要考虑的万无一失，等一二年后，国家的力量稍强大些才可行，不敢为了迎合圣意而误国事。”陈俊卿于是闭门不出、请求离朝，孝宗让他以观文殿大学士之职出知福州。陈俊卿与孝宗告别时，仍劝其远奸邪、亲贤才，修明朝政，抵御外敌，泛使不能轻易派遣。陈俊卿离朝后，虞允文最终遣使出使金朝，最后不得要领。曾觌也被召回朝廷，出领节钺、位登保傅，而没有士大夫敢多说一句。
陈俊卿到福州后，为政崇尚宽厚，严厉打击盗贼，使海路平坦畅通，陈俊卿因功进升官职。转运判官陈岘建议在福州改行钞盐法，陈俊卿写信给宰执，极力说福建盐法与淮、浙二地不同，钞盐法最终未在福建施行。
在福州任职一年后，陈俊卿请求担任宫祠官，孝宗让他提举洞霄宫。陈俊卿回到家，看见破旧的府第只有几根柱子尚存，他仍怡然自得，毫不介意。
淳熙二年(1175年)，孝宗再次令任命陈俊卿为福州知州。陈俊卿接连上章告归，孝宗拜他为特进，起授为通判建康府兼江东安抚使。孝宗召陈俊卿到垂拱殿问话，令他坐下，并赐茶。陈俊卿从容地说：“将帅应当由公选产生，臣听说诸将多因贿赂得官。曾觌、王抃揽权受贿，选用人都按御批行事。赃吏已调查清楚，而陛下亲自改正，这将如何劝惩人们?”孝宗说：“你说的很中肯。”陈俊卿上朝辞行，又上奏说：“臣离开国都十年，看见都城里谷贱人安，只有士大夫的风俗习惯大变。”孝宗询问原因，陈俊卿说：“过去士大夫奔走于曾觌、王抃府第的，有十分之一二，并且还害怕别人知道，现在就公然趋往，依附的人已有十分之七八，不再有所顾忌了。人才的进退取决于私门，实在不是朝廷的好事。”孝宗说：“王抃是不敢的。曾觌即使不时有所请求，朕大多予以抑制了，从今不会再来采纳他们的意见了。”陈俊卿说：“这些人声势已经增长，侍从、台谏的官职大多出自他们门下，不对陛下说实话，臣担心会有损朝廷纲纪，废坏有关部门的法度，败坏天下风俗，连累陛下的德行。”孝宗命二府在浙江亭为陈俊卿设宴饯行。
陈俊卿是怎么死的
陈俊卿离开建康十五年，父老乡亲们高兴他又回来任职。陈俊卿为政宽简，罢除没有名目的赋税。当时朝中多通行“白札”，派左右亲信送往，陈俊卿上奏陈说此事的不利之处，孝宗亲自撰写札子予以褒奖。后拜官少保，仍通判建康府。
淳熙八年(1181年)，陈俊卿上章告老，以少师、魏国公之职致仕。
淳熙十三年七月二十二日(1186年8月8日)，陈俊卿去世，享年七十四岁。陈俊卿刚患病时，亲自撰文给诸子说：“遗书中只需感谢圣恩即可，不要祈求陛下的恩泽及功德，不要请求谥号和树碑。”孝宗听说后感伤不已，为他辍朝，追赠太保，谥号“正献”，令建康路转运司安排丧事。
淳熙十五年(1188年)七月二日，陈俊卿葬于莆田县丰保里龙汲山。
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