后被起用知河阳军，入朝提举中太一宫，调任翰林学士承旨，改任端明殿学士、知审官院。神宗慢慢同吕公著谈论为治之道，便涉及佛老之学，吕公著问道：“尧、舜知道此道吗?”神宗说：“尧、舜难道不知道?”吕公著说：“尧、舜虽然知此，但惟独认为知人安民是难事，所以成为尧、舜。”神宗又说唐太宗能以权智驾御臣下。吕公著回答说：“唐太宗之德，以能屈己从谏而已。”神宗对他的话表示赞许。
元丰元年(1078年)九月十四日，吕公著与枢密直学士薛向同知枢密院事 。有人打算恢复肉刑，建议取死囚试验劓刑、刖刑，吕公著说：“如果尝试这些还不死，那么肉刑就会实行了。”便停止。当时西夏梁太后幽禁夏惠宗李秉常，朝廷将要大举征讨西夏。吕公著说：“兴问罪之师，当首先选择主帅，如果没有合适的人，不如不举兵。”等到兴兵时，秦、晋二地民力大困，群臣们不敢上言，吕公著多次上奏兴兵的害处。
元丰三年(1080年)九月二十九日，吕公著任枢密副使。
元丰五年(1082年)，吕公著因病乞求离职，于四月二十六日被罢为资政殿学士、定州安抚使。不久，永乐城陷落(即永乐城之战)，神宗临朝叹息说：“边地百姓疲敝如此，只有吕公著向朕说过而已。”便移其为扬州安抚使，加资政殿大学士。将要立太子赵佣(即宋哲宗赵煦)时，神宗对辅臣说，应当以吕公著、司马光任师傅(指太子太保、太子太傅等)。
守成良相
元丰八年(1085年)三月初五，哲宗即位，由太皇太后高氏(高滔滔)听政，守旧派再度执政。吕公著以侍读的身份返回朝廷。高太皇派使臣迎接，询问他所想要说的，吕公著说：“先帝本意，以宽省民力为先务。但建议的人以变法侵夺百姓为务，斥去所有与自己意见不同的人，因此日久而弊端更深，新法颁行而百姓更加困苦。诚然能得公允正直之士，讲求天下利弊，同心协力而为之，应该不难。”
吕公著到朝廷后立即上十事疏，认为人君即位，要修德以安百姓，修德最要紧的也是首先要办的是“学”。有十件事最为重要，这十件事是：畏天、爱民、修身、讲学、任贤、纳谏、薄敛、省刑、去奢、无逸。 又请求备置谏官，以开言路。同年七月初六，拜尚书左丞。
元祐元年(1086年)闰二月初四，拜门下侍郎。 同年四月十五日，吕公著被授予尚书右仆射兼中书侍郎。
当时中书、门下、尚书三省一同建置，中书独为取旨之地。吕公著就请求事于三省者，与执政大臣共同进呈，取旨而各自实行。又执政官员通常几天在政事堂一聚，事情多由其长官决定，同事不得干预。至此，才命每天集聚，于是成为定制。
同年，司马光去世，吕公著独自当权。当时右司谏贾易因进谏攻击别人短处直接诋毁朝廷大臣，将要被严厉责罚，吕公著替他说话，便只罢知怀州。吕公著退朝后对同僚说：“谏官所议论，得失不足言。看主上正值壮年，担心今后有人进谀说惑乱，正是依赖左右诤臣，不可以让人主轻厌言事的人。”众人没有不叹服的。
吐蕃首领鬼章青宜结长期为洮、河一带的祸患，他听说朝廷息兵省戍，暗地与西夏人合谋再取熙、岷州。吕公著上疏派遣军器丞游师雄以方便之策谕求众将，不过一个月，就活捉鬼章青宜结致于朝宫下。
哲宗在资善堂宴请亲近大臣，拿出所书写的唐人诗分赐给众人。吕公著就聚集所讲书中要语明白、切合于治道的，共一百篇进献，以备哲宗游意翰墨，作为圣学的帮助。
辞位薨逝
元祐三年(1088年)，吕公著恳辞相位，于四月初五被任命为司空、平章军国重事。自宋朝建立以来，宰相以三公平章重事的有四人，而吕公著与他的父亲吕夷简居其二，士人羡慕吕氏的荣耀。哲宗下令在东府南面建造府第，开北门，来方便执政大臣聚会议事。凡是三省、枢密院的职责，吕公著都得署理。每隔一天一朝会，到都堂，可不按时出门，这是特殊的恩典。
元祐四年(1089年)二月初三(3月17日 )，吕公著逝世，终年七十二岁。高太后于接见辅臣时哭泣说：“国家不幸，司马相公(司马光)已死，吕司空又逝世。”痛惜怜悯许久。哲宗也悲痛感伤，亲到吕家祭奠，赐给金帛万计。追赠太师、申国公，谥号正献，亲自书写墓碑首为“纯诚厚德”。
吕公著是怎么死的
绍圣元年(1094年)，章惇为相，任命翟思、张商英、周秩任言官，议论吕公著更变熙丰法度，哲宗于七月十八日下诏削除他的赠谥，毁坏所赐碑 。
绍圣四年(1097年)二月初四，哲宗再贬吕公著为建武军节度副使、昌化军司户参军。
元符元年(1100年)五月二十三日，新即位的宋徽宗追复吕公著为太子太保。
崇宁二年(1103年)四月十九日，蔡京任右相时，徽宗下诏毁掉吕公著等人在景灵西宫的画像 。又降为左光禄大夫，并吕公著等人称为“元祐党人”，刻元祐党人碑，禁止元祐学术。不久复赠银青光禄大夫。
宋高宗绍兴(1131年—1162年)初年，封还吕公著的所有赠谥。
免责声明：以上内容源自网络，版权归原作者所有，如有侵犯您的原创版权请告知，我们将尽快删除相关内容。
