但建文帝实在找不到合适的将领，只好派年已古稀的太祖时的将领、长兴侯耿炳文为大将军，北上讨伐燕王朱棣。只有13万兵力却号称30万的南军，被朱棣统领的北军，在今河北正定一带打得一败涂地。消息传到南京，建文帝顿时忧虑万分，和黄子澄商议对策后，又派曹国公李景隆为大将军，取代耿炳文。
李景隆调集各道兵马，纠合耿炳文的余众，共计50万兵力，扎营于河间。朱棣得知此情后，对诸将说：“李景隆是纨绔子弟，何时还学过布兵打仗，今领50万来犯，不过是第二个赵括罢了。”果然，交战不久，南军又一次大败。多次击败南军后，燕王朱棣乘胜挥师南下，包围了京师。
无可奈何之中，建文帝遣人与朱棣议和，并以割地为条件。一心要夺得帝位的朱棣根本不予理睬，向京师发起了猛攻。
负责把守南京金川门的建文帝的叔父、谷王朱穗，以及屡战屡败的李景隆，面对朱棣的威势，开门放入燕师。建文帝闻讯，知道形势再也扭转不回来，遂纵火焚宫。朱棣入宫后，清宫三日，终未能找到建文帝。建文帝到底是死是活?至今仍是一团迷雾。
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