可是事情到此并未彻底结束。前面说过，武则天要巩固皇后的位置，必须对外廷重新进行优化组合。把反对她的人清除出去，把拥护她的人请进来。而在打击反对派这个问题上，她是分两步走的。第一步，清除反对派中势力相对小的褚遂良、韩瑗、来济，把他们贬往地方。第二步，在外围组织已经被清理之后，再清除反对派的核心力量长孙无忌。这样做是为了慎重起见，避免一下子打击面过大，造成政局不稳。换句话说，就是让反对派心存幻想，逐步丧失斗志，最后坐以待毙。现在，长孙无忌已经倒台，唐高宗和武则天再没什么顾忌了。他们终于可以施展手脚，把反对派一网打尽。
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于是，长孙无忌谋反案的基调刚刚确定，许敬宗又奏：
无忌谋逆，由褚遂良、柳奭、韩瑗构扇而成;奭仍潜通宫掖，谋行鸩毒，于志宁亦党附无忌。
这样一来，所有当年未曾追随武则天的元老重臣无一漏网，连一言不发、唯恐惹祸上身的于志宁也未能幸免。至此，这些人全部被免去了所有官爵。
这还不够。三个月之后，唐高宗下令让李勣、许敬宗等宰相进一步追查长孙无忌谋反案。许敬宗接旨后，派中书舍人袁公瑜到黔州去录长孙无忌的口供。袁公瑜可是当初第一批拥护武则天当皇后的人，裴行俭和长孙无忌议论武昭仪就是他告的密。当时他还仅仅是一个大理丞，八品官，现在他已经做到五品的中书舍人了。那么，袁公瑜是怎样录口供的呢?其实他根本不需要录，他直接对长孙无忌说，你还是自我了断吧，省得我再费一把力气。长孙无忌见大势已去，长叹一声，就地自杀了。
随后，唐高宗又下诏将王皇后的舅舅柳奭和韩瑗斩首。古人云：覆巢之下，焉有完卵!随着这批老臣的死去，他们的家族也遭受了灭顶之灾。成年的儿子都被处死，其他近亲皆流岭南为奴婢，远亲受株连贬官的就更多了。长孙无忌的两个儿子长孙冲和长孙诠，都是驸马;一个尚长乐公主，一个尚新城公主，两个公主都是唐太宗与长孙皇后的女儿。他们此时即使贵为驸马也未能幸免于难，被一同杖杀。长孙无忌谋反既然是因为前太子李忠被废引起的，梁王李忠也就顺带着被牵连进来。显庆四年七月，李忠被废为庶人，安置在黔州原来废太子李承乾的故宅里。
从永徽六年到显庆四年，人们逐步认识了新皇后的厉害。现在，不仅仅后宫是她的天下，外廷也在她的匕首前面战栗。长孙无忌、褚遂良、于志宁，一个个曾经气焰熏天的大臣不过就是当年的狮子骢。这个时代真切地让人们见识了什么是顺我者昌、逆我者亡。无论是处理后宫还是对付外廷，如果不是武皇后从中出谋划策，推波助澜，事情肯定不会解决得那么完满。先易后难，由内而外，武则天表现出了超一流的政治手腕和斗争能力，一阵雷霆过后，武皇后的威风树立起来了。
但是事情并不是这么简单。显庆年间全部事情的症结并不在武则天。从废王立武到清洗后宫，从改立太子到外廷换血，唐高宗始终关注着事件的进程，并发挥着主导作用。简而言之，唐高宗是统帅，而武则天只是他的亲密战友，是积极的推动者。唐高宗早就想洗牌了。他的前半生一直是受人控制的。当太子时，他生活在父亲的阴影之中，好不容易当上了皇帝，还要受制于父亲任命的元老重臣。一个皇帝如果没有权力会是何等郁闷啊，他要重树皇权。他的这种突破限制、伸张皇权的欲望才是左右整个事情的关键。
就在血腥的清洗之中，一种全新的政治格局诞生了。什么新格局呢?首先，贵族官僚逐步丧失了权力，甚至丧失了生命，受到了巨大的不可逆转的打击。关陇集团是一个地方武力集团，人员本来有限。长孙无忌等人以及他们的亲属，死的死，贬的贬，使得这个集团受到了重创。朝廷的很多位置空了出来，新兴的势力就可以补充进去了。原来的一般官僚实力和地位有所提高。许敬宗、李义府、袁公瑜这些新提拔起来的中下层官员在废王立武事件中崭露头角，在清除长孙无忌集团的过程中大显身手，此后，他们还会发挥更大的作用。
再从皇权的角度来考虑，经由这样一番变化，皇权得到了空前的提高。自魏晋南北朝以来，皇帝一直和贵族官僚联合治理天下，正因为如此，皇帝才需要在废立皇后的问题上征求大臣的意见，处处受制于大臣。但是随着元老大臣的下台和新生力量的补充，皇帝面对的将再不是贵族，而是一般官僚，皇帝和大臣之间的距离拉大了，皇权的伸张有了充分的余地。所以说，由废王立武引起的变化是一次深刻的社会变革。它不仅仅意味着支持武则天的人上台，反对武则天的人下台，它还意味着整个社会势力的重新洗牌，而这次洗牌对于唐朝乃至整个中国社会的历史进程都产生了深远的影响。
经过四年的内外整肃，此时的武则天，上有唐高宗的专宠和信任，中有太子李弘作为依托，外有李义府、许敬宗作为心腹，皇后的地位，可以说是坚如磐石。那么，武皇后心满意足了吗?她的下一个目标又是什么呢?
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