我们先来看看在武则天和唐高宗对反对派进行大清洗的时候，长孙无忌在干什么呢?他在著书立说。中国古代政治家的传统是“达则兼济天下，穷则独善其身”。被重用的时候就胸怀天下，干一番轰轰烈烈的事业;不被任用的时候，就退回书斋之中，加强自我修养，著书立说。这叫进可攻，退可守。自从武昭仪被立为皇后以后，长孙无忌感觉自己在政治上难有作为了，因此心灰意懒，只想退到书卷中去，享受一点心灵的安宁。显庆四年(659年)以前，他先后领衔完成了武德和贞观两朝的国史共八十卷，梁、陈、北周、北齐、隋五代的志三十卷，也就是现在隋书中的志，还有《显庆新礼》一百三十卷，可以说是著作等身。有一句话叫盛世修史，一个兴盛的王朝，就会有条件、有余力去总结前朝的经验教训。唐朝建立了史馆，开创了宰相领衔修史的传统。有唐一朝一共修了八部正史，占二十四史的三分之一，这其中就有长孙无忌的功劳。
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长孙无忌想远离政治，政治却不会远离他。武则天和唐高宗决心要建立一个属于自己的朝廷，长孙无忌就是最大的障碍。但是，长孙无忌毕竟是皇帝的舅舅，又做了三十年的宰相，权倾朝野，威震天下。要扳倒他，需要慎之又慎。武则天是一个果断的人，但是她并不急躁。在需要耐心的时候，她非常有耐心。在重拳出击长孙无忌之前，她还需要先剪除他的羽翼。出于这种考虑，长孙无忌的老战友褚遂良、韩瑗、来济先行被扫出朝廷;与此同时，长孙无忌的亲戚也难逃噩运。他的表弟太常卿高履行首先被贬出京，出任益州刺史。高履行是长孙无忌的舅舅高士廉的儿子，当年，长孙无忌的父亲去世，年幼的无忌兄妹被同父异母的哥哥赶出家门，是舅舅高士廉收留了他们。因此，高履行和长孙无忌名分上虽然是表兄弟，但实际比亲兄弟还亲。紧接着，长孙无忌的堂兄、工部尚书长孙祥也被贬为荆州刺史。长孙无忌在朝廷中可以援引的势力逐渐被剪除，就剩下他孤家寡人了，该是对他开刀的时候了。
动手整治当朝宰相，这得需要一个充分的理由。以这个理由为突破口，武则天的行动才名正言顺，动起手来才会又快又准又狠。那么，突破口在哪里呢?
显庆四年四月，洛阳人李奉节向唐高宗告状说，他发现一个朋党案件，太子洗马韦季方和监察御史李巢，他们结交权贵，共结朋党。这本来是一个很小的案子，针对的是中下级官员。但是这个案子一出来，武则天的火眼金睛马上看到它的利用价值。她觉得这个案子可以做大，为什么呢?因为这个案子牵涉一个权贵。这个权贵是谁呢?武则天希望他是谁，他就会是谁。那么派谁去审理呢?武则天的心腹爱将许敬宗刚刚晋位宰相，立刻就被派上了用场。派一个堂堂宰相来审这种小案子，明眼人都能觉出这件事异乎寻常。许敬宗是聪明人，他知道皇帝和皇后希望看到的结果。他不会让他们失望的。
许敬宗怎么审案子呢?他大搞逼供，严刑拷打韦季方和李巢，让他们招供自己结交的权贵是谁。当然，另一方面，许敬宗也巧妙地暗示这两个人，只要你们供出长孙无忌，事情就好办了。可是韦季方是个老实人，他哪里敢随便诬陷当朝国舅啊。再说了，在他淳朴的心中，长孙无忌简直就像一座巍巍高山，他哪里有机会结交这样的权贵啊。这罪名坚决不能承认!但是许敬宗不停地逼他。最后，韦季方被逼无奈，就去撞墙，想要自杀。但是，小人物的悲剧在于，他连死的权利都没有。他又被救活了，而且自杀成为他有罪的证据。没有犯罪，干吗要寻死呢?许敬宗马上向唐高宗汇报案情进展，他说，案子已经调查出眉目来了，韦季方的问题不是简单的结党营私，这里面涉及一个阴谋，他是想和长孙无忌合谋，上下勾结，陷害忠臣和贵戚，试图谋反。现在，韦季方看到阴谋败露，只好畏罪自杀。
这可真是天下奇闻啊，一个堂堂宰相竟然和五品文官勾结在一起谋反!唐高宗听了汇报之后，他怎么反应的呢?据《资治通鉴》记载，他说了这么一句话，非常有意思：“舅为小人所间，小生疑阻则有之，何至于反?”唐高宗并没有质疑长孙无忌是否应该被牵扯进这个案子里，甚至也没有深究长孙无忌怎么会脑子进水，和几个小小的文官谋反。他只是说：舅舅被小人挑拨离间，心里对我有猜疑是可能的，怎么至于到谋反这一步呢?他用了一个疑问句。
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可是这个问句就把这个案子的性质给定下来了，这是谋反。唐高宗亲口说出了这两个字，但是呢，他用了一个疑问句，怎么会谋反呢?许敬宗是一个聪明人，他当然知道怎么样处理皇帝这个疑问句，只要把它变成肯定句就可以了。据《资治通鉴》记载，许敬宗马上就说：“臣始末推究，反状已露，陛下犹以为疑，恐非社稷之福。”他说陛下您怎么可以再怀疑呢，这就是谋反啊!唐高宗听了以后长叹一声，眼泪随之滚滚而下，说：“我家不幸，亲戚间屡有异志。往年高阳公主与房遗爱谋反，今元舅复然，使朕惭见天下之人。兹事若实，如之何?”他说，我们家真是家门不幸，怎么亲戚老谋反呢，过去高阳公主就谋反，现在我舅舅又谋反。如果这件事是真实的，我们该怎么处理呢?定了调子之后，他要论罪责了。在这里，唐高宗还给出一个先例，往年高阳公主也曾经谋反来着，这就成了长孙无忌案件处理的依据了。
高阳公主的谋反究竟是怎么一回事呢?
高阳公主谋反案是永徽三年(652年)发生的一个大案，这个案子的处理者正是当时权倾朝野的太尉长孙无忌。高阳公主是唐太宗的女儿，人长得漂亮，又聪明活泼，也非常任性。小时候，她深得唐太宗的宠爱。唐太宗为了笼络大臣，把她嫁给了宰相房玄龄的小儿子房遗爱。在唐朝，娶公主可不是常人能够消受得了的福气。自从高阳公主嫁进房家，房家就一天也没有消停过。受宠的高阳公主结婚之后，处处刁钻好胜，调唆丈夫房遗爱和大哥房遗直分家。房遗直被逼无奈，告到唐太宗那里。唐太宗主持公道，狠狠地责骂了高阳公主一番，才把这件事摆平。从此太宗就不大喜欢这个惹是生非的女儿了。可是没过多久，高阳公主又出事了。她跟和尚辩机私通的事情败露了。有一次，高阳公主打猎，巧遇和尚辩机，两人一见钟情。高阳公主从此就包养了这个清秀的和尚，给老公戴了绿帽子。为了安慰老公房遗爱，她还送给他两个绝色的婢女。房遗爱只能忍气吞声，不敢有什么意见。可是纸包不住火，这个事情终究还是败露了。贞观年间，因为追踪一起盗窃案件，御史搜查了辩机所在的寺院，搜出了一个宫里的金宝神枕。追问之下，辩机承认是公主所赐。唐太宗觉得很没有面子，盛怒之下，腰斩了辩机。娇纵的高阳公主也因此恨透了这个严厉的老爸。贞观二十三年(649年)唐太宗去世，高阳公主一滴眼泪都没有流。