回来后，皇太极追究他的责任，把他的大贝勒名号也革了，而且莽古尔泰想去解释，皇太极也不听。
就这样没过多久，莽古尔泰就死了，有的说法是郁闷而亡。但后面又暴出一个事情，说莽古尔泰准备搞鸿门宴，刺杀皇太极。
当时，莽古尔泰找了自己的亲姐姐莽古济公主以及一些亲信，准备刺杀皇太极，订了一个方案，准备在酒宴上杀死皇太极。这其中有一个人叫琐诺木，是蒙古部的贝勒。他娶的老婆就是莽古济公主，换句话说，他是莽古尔泰的姐夫。
在商议时，莽古尔泰说了一句话：“我现在就除掉皇太极，成功了，我就是大汗，失败了，我就退到开原，开原这个地方很坚固，我搞个割据自立为王也是可以的。”琐诺木呆了，因为这个开原城是他的，琐诺木投靠清朝之后，皇太极把开原城封给了他。
现在莽古尔泰搞革命，成功了好说，不成功，莽古尔泰就要占他的开原城。
想了一下，琐诺木趁跟皇太极喝酒的时候，给皇太极透了一下口风：皇上不当惟兄弟是倚，行将害上，宜慎防之……
就是小心你的兄弟。
这样一来，皇太极加强了警备，而莽古尔泰还没有发动，就得病暴亡。想来，这里面皇太极的嫌疑是很大的。
这就是莽古尔泰的悲剧故事，本想杀母当皇帝，结果机关算尽，反误了卿卿性命。而他的姐姐莽古济公主更惨，事发后是被凌迟处死的。
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