天命十一年努尔哈赤去逝，皇太极逼大妃乌拉那拉氏阿巴亥殉葬。代善与其子岳托及萨哈廉以“才德冠世，当速继大位”拥皇太极嗣汗位。皇太极“辞再三，久之乃许”焚香告天，宣布次年为天聪元年。
天聪四年，皇太极以阿敏弃守滦州、永平、迁安、遵化四城的罪名，将其终身幽禁。五年，莽古尔泰同皇太极发生口角时，竟拔刀相向。皇太极借机以“御前露刃”之罪，革去莽古尔泰大贝勒衔。至此，四大贝勒，仅剩他和代善两人。
天聪六年正月，皇太极废除“与三大贝勒，俱南面坐”，共理朝政的旧制，改为自己“南面独坐”，突出汗位独尊地位。皇太极仿明制，设内三院，六部，“停王贝勒领部院事”，独主政务。又设都察院和理藩院，建立起一套较为完备的国家机构。集中了汗权，加强了专制统治。
为了联络西藏，大力扶植和宣扬喇嘛教。为了拉拢蒙古，清初的后妃多为政治联姻，蒙古科尔沁部的哲哲成为皇太极的大福晋，顺利成为了皇后。之后哲哲的两个侄女也嫁给了皇太极，一个就是布木布泰，另一个是布木布泰的亲姐姐海兰珠。 皇太极的十四个女儿，十个嫁去了蒙古。为了扩大兵源，创立了汉军八旗和蒙古八旗。皇太极在国内大力实行改革时，并没有放弃努尔哈赤对外进行侵略扩张的政策。他认为要战胜明朝，首先要征服蒙古和朝鲜，这既可以解除后顾之懮，又可以利用他们的力量，共同对付明朝。皇太极二次入侵朝鲜。朝鲜被迫投降，称臣纳贡，允诺与明朝断绝往来，并将王子送沈阳为人质。
皇太极对蒙古采取“慑之以兵，怀之以德”的政策。首先争取与察哈尔林丹汗不和的科尔沁、喀喇沁等部的归附。天聪二年，达成共同征讨林丹汗的协议。经过几次征战，林丹汗势力大衰。八年，林丹汗在青海大草滩出痘病死。九年初，皇太极命多尔衮等率一万人渡黄河西进，至托里图，俘获了林丹汗子额哲及其部众一千余户，统一了漠南蒙古。
天聪十年五月，称帝，定国号“大清”，改元崇德，改族名女真为满洲。哲哲成为皇后，皇太极钟情的“关睢宫”宸妃海兰珠排第二，“永福宫”庄妃布木布泰位居第五。
崇德五年七月，皇太极带病急援松锦之战，生擒洪承畴，歼灭明军五万余人。在降服松山、锦州后，清军占领了除宁远外的明朝关外全部城镇。皇太极派汉臣范文程等轮番劝说，洪承畴“延颈承刀。始终不屈”，孝庄毛遂自荐扮作待女，经过数天的努力，终于说服洪承畴投到清军辕下。
崇德六年宸妃因皇子之死抑郁成病而逝，皇太极朝夕悲痛，饮食顿减，身体每况愈下。崇德八年皇太极猝死宫中，年52岁。由于皇太极生前没有立嗣。福临的异母长兄豪格和叔叔多尔衮争位，双方势均力敌，相持不下。精明的多尔衮随机应变提出折中方案，以拥立皇太极第九子福临为帝，由和硕郑亲王济尔哈朗和他共同辅政，结果获得通过。顺治元年四月，顺治帝在笃恭殿拜多尔衮为大将军。
本已投降农民起义军的镇守山海关的明总兵吴三桂因不满起义军对其家属的侵犯，遂一怒而去。李自成得到消息，于四月十三日与刘宗敏率兵前往征讨。吴三桂谒见清摄政王多尔衮，请求多尔衮入援。多尔衮立即下令清军三路入关，向农民起义军阵地发动猛攻。起义军寡不敌众，刘宗敏受伤，李自成只得下令撤退，四月二十六日返回北京。二十九日，李自成在武英殿举行了登基大典，三十日，李自成以郊外祭天为名撤出了北京。
五月初二，清军进入北京城，多尔衮严禁抢掠，停止剃发，为明崇祯帝朱由检发丧，博得了汉族士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。 顺治元年六月，多尔衮与诸王贝勒大臣商议决定，迁都北京。福临即位改元顺治，不久，母后孝庄就依多尔衮之意册立自己的侄女、蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后。
孝庄在多尔衮的步步紧逼下只得委曲求全，不断加封多尔衮，使其不会废帝自立。顺治元年十月，加封为叔父摄政王，旋即又加封皇叔父摄政王。顺治四年，停止多尔衮御前跪拜。最后约在顺治四年年底，孝庄以太后的身份下嫁摄政王，福临称多尔衮为皇父，诸臣上疏称皇父摄政王。
遇元旦或庆贺大礼，多尔衮与皇帝一起，接受文武百官跪拜。顺治五年多尔衮以隐瞒其部将冒功、起用罪人之弟的罪名将豪格下狱，四月豪格死于狱中，其福晋为多尔衮所纳。顺治七年八月，多尔衮追尊生母太祖妃乌喇纳拉氏，尊为“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”，祔享太庙。十一月，多尔衮出猎时坠马跌伤，十二月初九薨于古北口外喀喇城，年三十九岁。多尔衮死后两个月，苏克萨哈告发多尔衮曾“谋篡大位”，以郑亲王济尔哈朗为首的诸王大臣也纷纷上奏多尔衮独擅威权。顺治下诏削去多尔衮爵位，没收财产，毁墓鞭尸。
顺治八年正月十二日，福临亲政，废除了汉官不能掌印的规定，大力提升汉官的地位，不久在范文程的引荐下结识了洋人传教士汤若望，对汤若望恩宠有加，封通议大夫。
