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崇祯四年(1631)，朱由检看到杨鹤主抚并无实效，遂一改以前的态度，转为主剿，下令革了杨鹤的职，诏令中说：
杨鹤总制全陕，何等事权，乃听流寇披猖，不行扑灭，涂炭生灵，大负委任。著革了职，锦衣卫差的当官旗，扭解来京究问。
杨鹤的被革职，标志着主抚派的破产。而这时候，另一种主张，即洪承畴的主剿已经在部分地区同时进行了。
崇祯三年(1630)正月，明朝任洪承畴以都御史巡抚延绥(今陕西榆林)，于是他立即部署兵力，对起义军进行镇压。是年六月，府谷县农民军在王嘉胤的率领下，攻陷黄甫川等要塞，又陷府谷县城。而后他们假称要投降，主动退出县城。当官军来“收复”县城时，他们回戈一击，重又占领县城。洪承畴和总兵杜文焕率部从孤山进剿，一次击杀农民军四百余人。与此同时，明朝山西部队，也剿杀这支农民军达三百余人。王嘉胤被迫转入山谷。
那时，杨鹤尚在职，他虽然主抚，但在局部地区，明军也在发兵进剿农民军。杨鹤的招抚成效不大，早已引起主剿派的不满。他们把农民军形成的燎原之势，归罪于主抚派。而洪承畴和总兵杜文焕等，利用农民军起义初期，缺乏作战经验、各自为战、兵力分散的弱点，采取分割包围，各个击破的办法，剿杀农民军，的确见了成效。各地农民军遭到重大挫折。因此，尽管总督杨鹤主抚，而主剿派并不听其制，照样残酷镇压农民起义军。
在洪承畴的历史上，杀王左挂是个重要事件。王左挂是陕西清涧县人，为陕西最早的起义将领之一。他于崇祯元年(1628)，聚众万余人起兵宜川。后来转战于真宁、三水、耀州等地，曾被洪承畴围于云阳，后乘雷雨逃出。此后又在怀宁河(今槐里河)再败，遂于崇祯三年(1630)春，以一百二十人向总兵杜文焕请降，杜文焕受之。李自成当时就在王左挂部下，他和一些头目对王左挂受降不满，就率众自谋出路。王左挂受降以后，并没有真心事明，暗中谋划再起。洪承畴本是主剿派，对招抚并不热心，看到王左挂三心二意，准备谋叛，就在同年八月同陕西巡按李应期、总兵杜文焕设计，将王左挂等九十八人全部杀害。这是洪承畴杀降的一大例证。洪承畴的杀降，不只这一次。崇祯四年(1631)四月，洪承畴命守备贺人龙，慰劳投降的农民军，设酒宴款待，农民军个个喝得醉醺醺的。乘他们入谢告辞时，事先安排的伏兵四起，一次就斩杀了三百二十人。
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洪承畴和他手下的将领，不择手段地消灭农民军。崇祯四年五月，王嘉胤的队伍进至山西东南的沁水、阳城一带。洪承畴派他手下的悍将曹文诏率部追击。然而，王嘉胤的力量相当大，安塞人高迎祥、延安人张献忠等，都是他的部下，听他号令和调遣。那时在洪承畴手下任延绥副总兵的曹文诏，不能战胜王嘉胤，就采取阴谋手段。曹文诏听说部下士卒张立位的姐姐被王嘉胤强娶为妻，就让张立位去诈降。王嘉胤信以为真，把他当成亲信。六月的一天，张立位同姐姐以及王嘉胤的部将串通一气，乘王嘉胤醉后熟睡时，将他刺死。曹文诏乘机出兵围攻，里应外合，起义军大乱，损失惨重。
洪承畴派出官军追剿陕西、山西的农民军，配合山西明军一起夹剿。崇祯四年(1631)七月，农民起义将领点灯子赵胜，在洪承畴的打击下，于陕西立足不稳，转战至山西。洪承畴和部将曹文诏等亲自追过黄河。九月，点灯子在晋西石楼县遭到明军夜袭，被砍杀。
镇压农民军接连取得一定成效之后，洪承畴得到崇祯帝的赞扬。崇祯帝得知他杀降农民军首领王左挂时，就得意地说：
贼势獗甚，招抚为非，杀之良是。
接着，崇祯四年九月，洪承畴升任陕西三边总督，代替杨鹤的职位，由他主持镇压陕西农民军的事宜。
