铁木真很可能是在1167年出生于孛儿只斤氏，他的父亲也速该·把阿秃儿是一个小部落的领导，这个部落长期陷于蒙古与塔塔儿的世仇斗争中。也速该为他九岁的儿子安排了一桩婚事，对方是他妻子的部落—弘吉剌部的一个女孩。遵从蒙古风俗，他把他的儿子留给未来的亲家。返程途中，他遇到了一些塔塔儿人。也速该不知道对方是世仇的塔塔儿，喝了他们的饮料。塔塔儿人则认出了这是世代仇人，于是在他的饮料中放了慢性毒药。
当他到家的时候已经生命垂危，不到傍晚就去世了。铁木真被叫回了家。他的母亲诃额仑·兀真想要召集亡夫的部众，但敌对的泰亦赤乌部煽动他们抛弃铁木真一家。诃额仑和他的孩子们被迫迁移到斡难河畔的山中，那里无依无靠，充满危险，他们靠采食野果、打猎和钓鱼为生。在这样艰苦的环境下，铁木真逐渐成长，进入青年时期，这时他和一位叫札木合的男孩成为好友，札木合来自另外一个部落，他们结为“安答”。此后他们彼此都对对方的生活影响颇深。
在这段艰难度日的时期，铁木真为了一些猎获的鸟雀与他的堂兄弟发生了冲突，他一时冲动射杀了他，就好像在练习射箭一样。这似乎并不仅仅是为了狩猎的战利品而争执，更进一步地说是铁木真除去了一个竞争家族领袖的潜在对手，而他已经在通过这种方式进行初步的部落政治演习。
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根据《蒙古秘史》，铁木真的母亲惊恐地跳起来，指责他是一个谋杀者，并且悲叹道：正当除影子外别无朋友，除尾巴外别无鞭子的时候，正说着谁能去报仇，怎么过活的时候，你们怎么能这样自相残杀？
不久之后他母亲的悲叹就变成了痛苦，因为铁木真被泰亦赤乌部抓走了，泰亦赤乌部就是曾经煽动也速该的部民抛弃这个家庭的部落。有学者认为这是泰亦赤乌部的报复行为，因为铁木真杀死的堂兄弟当时正在跟泰亦赤乌部交通联络。也有人认为这只是一次预先打击的行为，因为他们担心铁木真将会为自己的母亲和家庭所经受的苦难而向泰亦赤乌部复仇。根据《蒙古秘史》，铁木真被囚禁了几个月，然后设法在一次庆祝当地节日的宴会中逃走了。很多人帮助了他，这些人在《蒙古秘史》后面的章节中都被提及得到了奖赏。
从这些叙述中，我们看到铁木真这样成长起来：一个年轻人，出身高贵，熟知生活的艰辛，屡屡遭受前辈的反复无常和背信弃义，同时又从其他的氏族部落中感受到真诚和忠实。16岁时，他回到弘吉剌部，和他的未婚妻孛儿帖在她父亲的主持下成婚。婚礼之后不久，他觉得应该寻求一位保护人的帮助，他就是曾与铁木真的父亲结为安答的脱斡邻勒，克列亦惕部的首领，是一个居住在上斡难河岸边的突厥人。
克列亦惕部也是骑马游牧民，唯一与邻近的蒙古人不同的是，他们是聂斯托利派基督教徒。即使在如此遥远的东方，基督教社会也并不罕见，他们是大批传教士在11世纪从中东地区发起的传教浪潮的产物。铁木真来到脱斡邻勒的帐篷并献上了礼物，脱斡邻勒则许诺将会帮助他收拢他父亲的部民。但还没来得及开展这一行动，铁木真的帐篷就被蔑儿乞人袭击，他的妻子孛儿帖被抢走了。
脱斡邻勒听说这一消息，立刻派出一支军队去进攻蔑儿乞人，他命令军队听从铁木真少年时期的安答札木合的命令。战争全面胜利，孛儿帖被救了回来，铁木真在战争中脱颖而出，唯一遗憾的是，孛儿帖回来的时候怀孕了，他的长子术赤，终生都被贴上了私生子和外姓人的标签。
战胜蔑儿乞人之后的一年半中，铁木真和他的部民一直跟札木合一起游牧。虽然他们俩都希望保持这种友好的关系，但一种无法言说的敌意在这两个充满野心的年轻人之间滋生了。一个晚上，当他们彼此不再坦诚相对，铁木真和他的部民离开了札木合的营帐，在黑夜中远去。次日清晨，他们发现一队人决定转而追随铁木真，并一路尾随而来。
他们改投阵营，很明显是因为铁木真表现出更多的忠诚和信念，因此激励了他们。铁木真宽宏大量地对待这些追随者们，很快为自己赢得了更多的尊敬和更高的评价。根据《蒙古秘史》，这些归附者宣称：
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“他把自己的衣服给百姓穿，把自己的马给百姓骑，他能给部落带来和平，他能统治国家。”很快，铁木真被选为蒙古大汗，虽然这个称号实际上并没有表面上那么风光，他只能号令一小部分蒙古牧民。然而传说和预言流传开来，并且被萨满利用和改编，使得蒙古牧民相信，铁木真受上天之命来统治整个大草原。铁木真当然知道如何利用这些传说。他宣称：“我的力量来自上天和大地。由长生天之命，大地把我带到这里。”各个部落纷纷投靠到他的身边。