李元吉本是唐高祖李渊的第四子，其生母窦夫人有德有才，当李元吉出生时，相貌奇丑无比，窦夫人有观相之术，一看，李元吉的元神乃是一个灾星转世，长大后，将对李家不利，就不愿意抚养他，派人将他抛弃，李府侍女陈善意见弃婴可怜，偷偷将弃婴抱回抚养，李元吉才得以长大成人。
窦夫人眼力果然不错，李元吉在成长的过程中，对李家确实起的是一个灾星的作用。据史书记载，李元吉“及长，猜鸷好兵，居边久，益骄侈。常令奴客、诸妾数百人被甲习战，相击刺，死伤甚众。后元吉中创，善意止之，元吉恚，命壮士拉死(勒毙)，私谥慈训夫人。”也就是说主宰李元吉这个肉身的主元神没有人性，经常命令自己的下属相互残杀，死伤的人不少，就是李元吉自己也受过伤，他的救命恩人陈善意好意劝阻他不要害人害己，他不但不听，还下令把他的救命恩人杀害了，其心性比畜生都坏。杀人之后，又假惺惺给被他害死的人一个掩盖其罪恶的称号。更显其邪恶狡诈。
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李元吉不仅经常命令自己的下属相互残杀，还要打猎杀动物，杀百姓，据史书记载，李元吉经常与窦诞纵猎，“蹂民田，纵左右攘夺，畜产为尽。每射于道，观人避矢以为乐。百姓怨毒。不可与共守。”祸害社会。招人怨恨。他年纪不大，却淫毒异常，经常夜晚潜出，奸淫民女。还和其生父的宠妃有乱伦的行为。
他妒忌之心奇重，忌恨其二哥秦王李世民功高盖世，不仅多次挑拨其父皇和其大哥太子李建成加害其二哥秦王李世民，还多次亲自下手部置杀害秦王李世民，据史书记载，“时秦王有功，而太子不为中外所属，元吉喜乱，欲并图之。”乃构于太子曰：“秦王功业日隆，为上所爱，殿下虽为太子，位不安，不早计，还踵受祸矣，请为殿下杀之。”太子不忍，元吉数讽不已，许之。于是邀结宫掖，厚赂中书令封德彝，使为游说，帝遂疏秦王，爱太子。
元吉乃多匿亡命壮士，厚赐之，使为用。元吉记室参军荣九思为诗刺之曰：“丹青饰成庆，玉帛礼专诸。”元吉见之，弗悟也。其典签裴宣俨免官，往事秦府，元吉疑事泄，鸩杀之。自是人莫敢言。秦王尝从帝幸元吉第，伏护军宇文宝寝内，将以刺王，太子固止之，元吉愠曰：“为兄计，于我何害?”他他当着李建成面说是为李建成设计刺杀李世民，但早有人看出“元吉戾很，使得志，且不能事其兄。”他曾对其部下说：“但除秦王，取东宫如反掌耳!”东宫就是其大哥太子李建成，先杀二哥，再夺大哥之位，李元吉哪还有一点人味。
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李元吉干坏事天下第一，办正事的本领则是差得要命。唐武德二年(619年)三月，刘武周南侵，据史书记载，“时刘武周率五千骑至黄蛇岭，元吉遣车骑将军张达以步卒百人先尝之。达以步卒少，固请不行。元吉强遣之，至则尽没于贼。达愤怒，因引武周攻陷榆次，进逼并州。”元吉大惧，绐其司马刘德威曰：“卿以老弱守城，吾以强兵出战。”因夜出兵，携其妻孥，弃军奔还京师，并州遂陷。”
李元吉指挥不当，临阵脱逃，导致李唐在黄河东岸之地几乎尽失，关中大震，甚至连高祖李渊都乱了阵脚，高祖认为：“贼势如此，难与争锋，宜弃大河以东谨守关西而已。”此时，秦王李世民临危不乱，独排众议，坚持要反击敌军。同年十一月，李世民请缨出战。不到两年，李世民就将刘武周击溃，大唐危机解除。
李世民对此一再忍让，可李建成却步步紧逼。唐武德九年(公元626年)，突厥侵犯中原，李元吉和李建成又使出一个挖空秦王府的毒计，李建成推荐元李吉率军抗突厥，李元吉要求让尉迟恭、程知节、段志玄以及秦王府右三统军秦琼等人与自己一同前往，检阅并挑选秦王帐下精锐的兵士以增强自己军队的实力。两人还密谋藉机杀死秦王，坑杀尉迟敬德等将领，此毒计被秦王李世民知道，定下防御之计。
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唐武德九年六月初四庚申日(公元626年7月2日)，李建成、李元吉见一早就派四、五百兵士埋伏于玄武门，只等李世民一到便下杀手。千钧一发、性命攸关之际，尉迟恭等人不干了，他激愤地表示：“我不能留在大王这儿，陪着挨杀!”长孙无忌等人也认为，他们不仁，我们也可不义，应该先下手把他们除掉。在将士们的强烈要求下，李世民终于听从劝告：当李世民一行人来到时，李元吉先张弓搭箭射向李世民，箭没有射中。李建成、李元吉两人朝李世民射了三箭，幸好李世民早有防备，身穿铠甲而来，才未被射伤。混乱中，秦琼还射一箭，李建成当场死。李元吉见状想逃，被尉迟敬德一箭射死。这就是历史上有名的"玄武门之变"。