毛文龙死后，其部下离心离德，变得毫无战斗力，曾经袁可立耗费大量财力物力经营的海上防线彻底崩溃，后金再也没有了后顾之忧。皇太极看到这儿简直开心到了极限，于是发生了己巳之变，皇太极亲自率军借道蒙古，兵围北京。
到这儿，袁崇焕迅速回兵救援北京，在广渠门与皇太极大战。期间，袁崇焕曾经多次要求率军进入北京城，但崇祯下旨拒绝了袁崇焕的请求。
皇太极撤兵之后，崇祯迅速收缴了袁崇焕的兵权，并且将其凌迟处死。其罪名有以下几条;
付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下
以上几条，除通敌叛国有争议之外，基本上全部坐实。尤其是袁崇焕作为蓟辽督师的几年中，空耗财力而无进展，擅杀毛文龙导致兵变，致使袁可立数年的经营毁于一旦。
纵观袁崇焕一生，在明朝对后金的战争中有功，不过只停留在战术层面，只是某一场战役。而从明朝对后金的整体战略上来讲，袁崇焕过大于功，甚至可以说袁崇焕在战略层面都是过。尤其是袁崇焕对着崇祯随意吹牛皮，导致明廷全力支持他，而他却空费财力、物力，经营几年之后还使的皇太极没有了后顾之忧而放心大胆的入长城劫掠。所以，袁崇焕死的并不冤。
