《意见》提出，合理划分国家公园中央与地方财政事权和支出责任。中央与地方分别承担相应的支出责任。比如，将中央政府直接行使全民所有自然资源资产所有权的国家公园管理机构运行和基本建设，确认为中央财政事权，由中央承担支出责任；将国家公园内的经济发展、社会管理、公共服务、防灾减灾、市场监管等事项，中央政府委托省级政府代理行使全民所有自然资源资产所有权的国家公园管理机构运行，确认为地方财政事权，由地方承担支出责任。
《意见》还提出，建立健全生态保护补偿制度。鼓励受益地区与国家公园所在地区通过资金补偿等方式建立横向补偿关系。探索建立体现碳汇价值的生态保护补偿机制。落实落细相关税收优惠和政府绿色采购等政策。
