作为东亚隔海相望的邻邦，中国和日本之间的孽缘从未断绝，作为近代以前的世界级强大帝国，中国一直是日本学习的榜样，历史记载中日本学习中国最频繁的是隋唐年间，日本派遣了大量的遣隋使、遣唐使来中国学习先进的制度、文化和技术。随后日本国内进行了历史上著名的“大化改新”。但是作为一场历史性的改革，难免会损害到一些人的利益，于是日本国内出现了一批反革新派。公元649年，大化改新的重要人物右大臣苏我仓山田石川因有叛变嫌疑而被诛全族。加上在外交上，与日本交好的百济受到新罗的打击，最终在660年，新罗联合大唐一举灭亡了百济。日本丧失了在朝鲜的仅有的一点威信。在此内外交困的情况下，为了恢复国家的威信，加之觉得经过革新之后自己已经十分强大日本露出了侵略的本性，在百济残余势力的请求下决定出兵朝鲜，用击败唐和新罗来重新树立自己的威信。
龙朔元年（661）初，日本齐明女皇和中大兄皇子亲赴九州，打算统兵渡海亲征，一举击败唐新联军，结果还没走到前线，年老的齐明女皇就一命呜呼了，可是这时军队已经集结了，于是无奈又有点尴尬的日本决定继续进发。9月，日本出兵5000护送百济质子归国，龙朔二年（662）初，开始向百济输送大量辎重物资，五月又令水师战船170余艘前往百济增援。龙朔三年（663）3月，日军又派卢原君率兵27000人增援。此时唐朝也任命右威卫将军孙仁师为熊津道行军总管，统水军7000进驻熊津城。大战一触即发。5月，百济发生内乱，唐新联军决定乘机围攻百济王所在的周流城。唐新联军的作战方案是由唐将刘仁愿、刘仁师及新罗王金法敏率陆军进击，由唐将刘仁轨、杜爽、百济降将扶馀隆等率水军，从熊津江前往锦江下游的白江口，与陆军配合，夹击周流城。
8月13日，百济为迎接日本援军，派遣水军候于白江口，17日时唐新联军的水军和日本水军同时抵达白江口。当时日本有战船有400余艘，唐新联军只有170艘，兵力方面日百联军近四万余人，唐新联军只有一万三千余人，兵力也处在劣势。看到己方处于优势地位，急于证明自己的日军迫不及待的就杀向了大唐水军。双方交战三次，虽然唐军处于绝对的兵力劣势，但是依靠先进的武器装备，顶住了日军的疯狂进攻，双方均未取得决定性战果，到18日，两军再战，日军企图通过己方优势兵力实行跳帮作战，结果进入唐军战船的日军遇到了武装到牙齿的唐军，虽然日军拼死战斗，但在唐横刀的刀锋下很快就被击杀殆尽。随后唐新联军以钳形攻势左右夹击，日百联军在唐新联军几乎降维打击的攻击下迅速溃败。最终中日历史第一战以日百联军400余艘战船被击毁，兵卒大多溺死，残军投降，百济亡国，唐新联军完胜而结束。
当时的大唐对于这一战并没有十分重视，史书上仅记载：“仁轨遇倭兵于白江之口，四战捷，焚其舟四百艘，烟焰涨天，海水皆赤，贼众大溃。余丰脱身而走，获其宝剑。伪王子扶余忠胜、忠志等，率士女及倭众并耽罗国使，一时并降。”对于日军俘虏仅以“倭众”统称。然而，日本学者古田武彦等在研究这段历史时，却提出当时的日本天皇可能被唐军俘虏。并给出了五点依据：
一、661年齐明女皇死后，天智天皇没有继位而是以太子摄政，直到7年后，天智天皇才正式登基，那么在这七年中天智天皇为什么不登基？这七年里日本真的没有天皇吗？二、公元655年，唐高宗封禅泰山时，记载：“仁轨领新罗及百济、耽罗、倭四国酋长赴会，高宗甚悦”这里的倭国酋长又是谁？三、公元671年，唐高宗命郭务悰率二千多人赴日，为什么会派这么多使团人员？更加巧合的是，几个月之后，当时日本的天智天皇突然驾崩。四、日本考古也发现一些重要线索，在日本青龙山野中寺弥勒像底座下发现一行字：“丙寅年（666年）四月大旧八日癸卯開記，栢寺智識之等詣中宮天皇大御身労坐之時，請願之奉弥勒御像也，友等人数一百十八，是依六道四生人等此教可相之也”这里的中宫天皇又是谁呢？五、《正仓院文书》中记载，696年之前的日本历史文件，几乎一件都没有留下来，全部遭到毁灭。为什么要焚毁这段时间的史书呢？是为了掩盖什么呢？
综上所述，当时的日本天皇可能真被唐军俘虏过，只是不知道什么原因史书中没有记载，或许是当时的大唐根本没有把日本放在眼里吧。