广德元年（763年），安史之乱基本结束的时候，吐蕃进犯长安，禁军溃败，唐代宗奔陕州，鱼朝恩率此军护卫唐代宗。因此，等到郭子仪收复长安后，鱼朝恩便率神策军来到京城。到了永泰元年（765年），神策军正式成为天子禁军。由此，这意味着神策军的性质发生了重要变化，也即由边军成为了禁军。
神策军的统领，逐渐变成了宦官
在神策军成为唐王朝的禁军后，其统领基本上都是本军将领，也即由武将来执掌。公元783年，唐德宗任命白志贞神策军使，也即担任神策军的统领。但是，随后爆发的泾原之变，让唐德宗改变了主意。泾原之变中，泾原镇士卒兵变，攻陷长安，在此基础上，唐德宗成为第三个逃离长安的皇帝，因此，唐德宗从此不再信任宰相，对将领猜忌，更为重用宦官。
贞元二年（786年），唐德宗改神策左、右厢为左右神策军，并以宦官来执掌神策军。贞元十二年（796）又设立左右神策军护军中尉。根据史料记载，宦官杨志廉、第五守亮为左右神策军护军中尉，自此之后，直到唐朝末年，禁军被牢牢控制在宦官手中，神策军将吏多由忠于宦官者充任。
神策军的结局
最后，虽然神策军的规模与日俱增，巅峰时期达到了18万人左右。但是，如同明朝时期的锦衣卫一样，规模的扩大，反而加剧了神策军的腐化问题。到了唐朝末年，唐僖宗时，黄巢起义军攻入关中，唐僖宗和当年的唐玄宗李隆基一样，仓皇南逃入蜀，左右神策军或溃败，或为藩镇招谕收容。也即唐朝末年的神策军，早已经不堪一击了。而唐朝末年的风雨飘摇，也在一定程度上加快了神策军的灭亡。
天复二年（902年），朱全忠进入关中。天复二年（903年），朱全忠将神策军的将士并入左右羽林、龙武、神武等六军，促使神策军正式告别了历史。对于唐王朝来说，在失去神策军后，自然很难长期维持下去了。天祐四年（907年），朱温（朱全忠）逼唐哀帝李柷禅位，唐朝灭亡，朱温改国号梁，史称后梁，是为梁太祖，改元开平，定都开封（今河南开封）。
