当然，让朱棣万万没有想到的是，
他原本设想的锦衣卫与东厂相互牵制的局面，会被自己的子孙后代孙打破
。自明宣宗之后，因明朝皇帝多宠信于宦官，赋予他们批红权、统兵权等重权，由此东厂与锦衣卫的力量对比开始失衡，此时以宦官为首的东厂，它的实力开始超过锦衣卫，直至最后让锦衣卫成为东厂的走狗衙门。
如正德年间，太监刘瑾操握政权，其心腹遍布朝廷各要位之上，为此锦衣卫指挥使石义文为保权力不失，对刘瑾是极尽阿谀奉承，如此以他为首的锦衣卫自然就成为了以刘瑾为首的东厂的附庸。再如熹宗年间，宦官魏忠贤执掌大明朝政，锦衣卫首领田尔耕甘愿认魏忠贤为义父，由此锦衣卫是彻底的沦落为东厂的走狗。
总的说，真正历史上，东厂与锦衣卫虽是互相牵制，但在多数时候，因皇帝过于宠信宦官，致使东厂都要稳压于锦衣卫一头，甚至有时锦衣卫还沦落为东厂的附庸。
