康有为和梁启超先后逃亡到日本。康有为手捧自称是光绪皇帝缝在衣服里的所谓"诏书"，继续宣传他的保皇主张。起初，梁启超像从前一样，惟师命是从。可渐渐地，他的政见发生了显著变化，从保皇转向革命。这段时间，他与孙中山、陈少白等革命党人的来往开始密切，有时甚至在三更半夜还拥被长谈，结果便有了合作组党的计划。
梁启超召集其他同学，联名致函康有为，劝他退休。康有为得知梁启超倾向革命的思想之后，非常生气，立即严令梁启超离开日本到檀香山办理保皇会事宜，并狠狠斥责了梁启超一顿。
武昌起义爆发后，康梁之间的矛盾越来越大。在致康有为的信中，梁启超说，"数月来，和您议论起时事，总是出现矛盾，很难领会您的意思，最后只能在表面上答应，回到家后，头痛目眩。您从来不让别人发表意见，自己的观点又不能让弟子心悦诚服，我们真不知道该怎么办才好。"
1912年元旦，民国成立。对于民国成立后出现的许多问题，康有为"触目伤心"，非常看不惯。他加快了让溥仪复辟的步伐。与康有为积极复辟相反，梁启超坚决维护民主共和。张勋复辟一发生，梁启超立即随段祺瑞誓师马厂，参加武力讨伐。他不仅代段祺瑞起草了讨逆宣言，而且以个人名义发表反对通电，斥责康有为是"大言不惭的书生，对政局丝毫不清楚"。据说通电写好之后，有人担心会破坏师生友谊，梁启超却理直气壮地回答道："师弟自师弟，政治主张则不妨各异，我不能与老师共为国家罪人!"
康有为在张勋复辟失败后，不仅不反省自己的过失，反而将怨气发泄在梁启超身上，咒骂他为"梁贼启超"，还写诗将他比喻为专食父母的枭獍。
康梁公开辩难及交恶之后，刘海粟等人积极从中斡旋，二人关系有所缓和。1927年3月31日，康有为逝世于青岛。4月17日，梁启超联合康门弟子，在北京设灵公祭，含泪宣读悼文。在这篇情深义浓的悼文里，梁启超肯定了康有为早年的历史贡献，但也委婉地批评了他在复辟帝制上的错误。
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