北伐——刘裕的雄心
义熙五年四月，刘裕在建康誓师北伐。进攻南燕，连战连捷。义熙六年二月，晋军攻入广固内城。南燕慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，送至建康斩首，南燕灭亡。刘裕以广固久守不降为由，入城后，尽杀王公以下三千人以泄愤。
义熙十二年八月，刘裕以刘穆之任尚书左仆射，内总朝政，外供军粮，自己率大军分四路北伐。九月，刘裕抵达彭城。龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济领兵由淮、淝转向许、洛，后秦诸屯守皆望风降附，晋军进展神速。十月，王镇恶军占领洛阳。义熙十三年正月，王镇恶突破潼关防线，率师直进，一举攻陷长安，姚泓率群臣投降，后秦灭亡。刘裕收复长安，这年冬天，刘裕率晋军浩浩荡荡地抵达长安皇城。他想在此稍作休整，经略关中，不料传来刘穆之病死的消息。刘裕怕朝廷有变，留其十二岁的儿子刘义真率王修、王镇恶、沈田子等文武共守长安，自己统军南归。刘裕匆匆南归后，留守长安的晋朝文武发生内讧，最终长安得而复失，良将劲兵损失颇多。但经过两次北伐，黄河以南、淮水以北以及汉水上游的大片地区，为刘裕据有。这是北伐最高的收获，也让刘裕的声望达到了顶点。
登基——无奈也是必须
巨大的军功，使刘裕在朝廷的地位显赫无比。义熙十四年，刘裕接受相国、总百揆、扬州牧的官职，以十郡建“宋国”，受封为宋公，并受九锡殊礼。
此时的晋安帝完全就是个傀儡，《晋书·帝纪第十》记载晋安帝连饥饱、冬夏的区别都认不出来。他痴呆，愚蠢得异常，口吃不能言语，甚至冷热饥饱都没感觉，一举一动都得靠别人扶持。因此安帝继位后东晋皇帝的权威大大下降，朝外许多将军实际上自立，不受君命。隆安元年，司马德宗继位，称为安帝，王神爱被立为皇后。王皇后经历了宫廷政变，生死忧患，惶惶不可终日，义熙八年，即崩于徽音殿。国家交付这种皇帝手中，根本无法保存，如果不是刘裕剪灭各地豪强，东晋早就亡国了，万般无奈之下，刘裕只得将其杀死，另立司马德文为晋恭帝。
元熙二年刘裕入辅，恭帝于是在六月禅位给刘裕，东晋灭亡，刘裕即位为帝，改国号为“宋”，改元永初。
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