朱高炽在后方留守，这样皇二子朱高煦就走上了前台。朱高煦与朱棣颇有几分相像，而且作战勇猛，在武将中威信很高，在战斗中他曾多次救朱棣于危难之际，朱棣也曾许愿说：“努力吧，皇太子身体不好，多有疾病。”。听了这话，朱高煦的热情更加高涨，在整个靖难中立下了非常大的功劳。
靖难成功之后，朱棣登上了皇位，但就立皇太子的问题上又出现了犹豫，朱高炽由于仁爱、儒雅，深得文臣们的拥戴，而且他是太祖皇帝朱元璋亲自为朱棣选择的燕世子，是皇位的合法继承人，在封建社会，这一点是非常重要的;而朱高煦性格颇似朱棣，武勇英俊，在靖难中立下大功，而且朱棣也曾亲自许愿将皇位传给他，就朱棣本人来讲，他是希望立朱高煦的，他觉得朱高炽过于仁弱，将来会遭人胁迫。
但是最终朱棣还是立了朱高炽为太子，因为明朝的内阁制度和汉族的封建社会长幼有序制度在某种程度制约着帝王。而且朱高炽作为世子的时候确实没有什么重大的错误，因此废之无名，很重要的一点是朱高炽的长子朱瞻基敏慧异常，深得朱棣的喜爱，着名的文臣解缙曾经以“好圣孙”来说服成祖，朱棣终于下定了决心，于公元1404年立朱高炽为太子。
次子朱高煦并没有这样屈服，他迟迟不肯就藩，留在京城伺机行动，他先是进谗言使得立储的第一功臣解缙遭到贬黜，几年之后惨遭杀害，然后私养了许多武士图谋不轨，好在杨士奇、徐皇后说服了朱棣削夺了朱高煦的部分护卫，强令他就藩乐安。朱高煦与朱高炽之争才算暂时告一段落。
谁知半路又杀出个程咬金，皇三子朱高燧在成祖得病期间曾密谋杀死朱棣，然后矫诏即位，幸得有人告密，一场灾难才没有降临。事后，由于朱高炽为朱高燧求情，朱棣总算没有再追究。
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