第一次征日并未使忽必烈灰心，此时他正密切关注南宋战事，于是继续派使臣前往日本招抚。这次幕府终于有了明确答复——将来使全部斩首。当消息传到大都时，忽必烈终于被激怒了，一个专门对付日本的机构——征东行省建立起来了。
至 元十八年五六月间，两支庞大的远征军驶向日本：一支从合浦(今韩国马山)出发，由第一次征日主将忻都率领，共四万人，战船九百艘;一支从庆元(今浙江宁 波)出发，由南宋降将范文虎等率领，共十万人，战船三千五百艘。可到八月初，台风再显神威，彻底摧毁了元军战舰。十四万大军生还者不足五分之一。前近代世 界历史上规模最大的海上远征就这样失败了。这是忽必烈一生从未遭受的惨败，使其颜面尽失，成为他心中永远的痛。
此后，忽必烈虽然又先后三次重组征东行省，但终其一生，再也不能派出一船一卒，因为庞大的征需已使百姓不堪重负，国家财政岌岌可危。日本则因两次抗元均借助了台风之力，炮制出所谓“神风”之说，太平洋战争后期出现的“神风突击队”即源于此。
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中 国社会科学院历史研究所研究员刘晓认为：元朝第二次征日失败，原因很多。就日本而言，有了第一次战争经验后，幕府早已在九州沿海构筑了坚固的工事，各地精 锐武士云集于此，以逸待劳，严阵以待。相比之下，元朝则显得准备不足，比如，当元军请求忽必烈为远征军配备足够的战马、火器时，忽必烈竟以海战不需此类装 备为由予以回绝。对征日统帅，忽必烈也未慎重考虑，以致将领之间战前矛盾重重，无法协调统一指挥，在鹰岛迟滞达一月之久，失去了最佳战机。更为致命的是， 因军事征调期限很严，远征军不少战舰系没有龙骨、只适合内河航行的平底船改建而成，日本九州海下考古发现已充分证实了这一点。以这样的战舰越海奔袭日本， 会留下巨大隐患，在台风来袭时不堪一击。所以说，所谓的“神风”之威，实际上很大程度是由元朝自身原因造成的。
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