明万历十三年（1585年），年过古稀的海瑞起复为南京都察院右佥都御史，此时他已闲居16年。本来明代南京的中央机构，自永乐北迁后多为闲秩，而海瑞复出不久，就向万历上疏，“举太祖法剥皮囊草及洪武三十年定律枉法八十贯论绞”，要求在万历之世行洪武酷法治贪，罔顾情势变迁，引得朝议纷纭，万历不得不出来息事宁人。这事发生在海瑞身上，并不奇怪。这位以“尸谏”嘉靖闻名的直臣，在隆庆三年（1569年）巡抚应天时，就不识时务地力遏土地兼并，乃至不惜开罪前首辅徐阶，搞得官怨沸腾。官场的评价是海瑞“滞不达政体”，然而作为道德模范“镇雅俗，励颓风”，则“未为无补”。
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万历首辅张居正对海瑞的看法亦大抵如此。然而张居正甚至对海瑞“镇雅俗，励颓风”的作用也视而不见，当国十数年，“惮瑞峭直，卒不召”。海瑞赋闲之时，张居正大刀阔斧改革，使得明代俨然有中兴之象。“宰相肚里能撑船”，张居正的识见与胸襟自然远非以指摘谋进身的言官可比，然则中兴名相为何也容不下道德模范？
分歧在于对待“祖宗之法”的态度上。黄仁宇在《万历十五年》中说，虽然张居正和海瑞都“希望寻找出一种适当的方式，使帝国能纳入他们所设计的政治规范之内”，但“张居正的措施多少带有变法的意味，而海瑞的做法却是力图恢复洪武皇帝拟定的制度”。张居正作为“儒而有为者”，虽然尊重祖制，但稽古而不泥。他以干济才入主文官系统，“尊主权、课吏职、信赏罚、一号令”，经济上清查土地，改革税赋，军事上起用戚继光等名将整饬边务，开创“万历新政”。
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比如改革官僚体制、提高行政效率的重要制度创新“考成法”就脱胎于朱元璋的“祖宗之法”，化腐朽为神奇，吏治因之澄清。海瑞追慕成法，心系民生，但不愿意应时权变，见形施宜。他巡抚应天时虽“锐意兴革”，使得“民赖其利”，但所秉者唯“刚劲之性”，操之过切，终于半途而废。其实儒学虽然因循守旧，但又强调旧邦新命，“苟日新，日日新，又日新”。张居正得“祖宗之法”要旨，因势利导，终能起衰振隳；海瑞执着“祖宗之法”形相，求治心切，反而难有作为。对于海瑞的症结，张居正看得很清楚。在给海瑞的信中他说：“三尺法不行于吴久矣。公骤而矫以绳墨，宜其不能堪也。”他认为“海瑞秉忠亮之心，抱骨鲠之节，天下信之。然考其政，多未通方，只宜坐镇雅俗，不当重烦民事”。因此，虽然张居正和海瑞都提倡知行合一，经世致用，但一个是务实的改革派，一个是激进的理想主义者，抵牾在所难免。
我们可以从李贽的说法中管窥一斑。李贽是当时有名的异端，其思想取道阳明心学而近禅宗默观，在他看来，非但朱熹、二程不足论，连孔孟老庄也与常人无异。这样一位狂生如何评价海瑞和张居正呢？李贽认为，海瑞虽清，不过“万年青草”，张居正却是“宰相之杰”，乃是经邦济世的伟大人物。看来李贽虽热衷“酷评”，在这个判断上却不失公允。用现在的眼光看，张居正对于“祖宗之法”的灵活态度，无疑显得比海瑞更“理性”，而海瑞方凿圆枘，未免有些意气用事，但不应就此忽略张居正和海瑞的共通之处，他们“趣向虽殊，大归则同”。张居正和海瑞所处的年代内忧外患，危机四伏。边事有俺答、倭寇之患，内则灾害频仍，民生凋敝。
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就改善民生、振作国威而言，张居正和海瑞是完全一致的，他们身上体现了儒家士大夫“上下求索”、“以天下为己任”的优秀传统。“临戎虚负三关险，推毂谁当万里侯”，张居正早年即对边备不修忧心忡忡；海瑞以六品户部主事冒死上疏，直斥嘉靖迷信方术，罔顾民生，可谓英雄所见略同。他们都是“不恤人言”的改革家，他们施政的目的都在富民强国，比如后来构成“万历新政”核心措施之一的“一条鞭法”，海瑞就是最早的推行者之一。这自然会招来既得利益者、庸碌无能之辈的嫉恨。海瑞巡抚应天，“力摧豪强，抚穷弱。贫民田入于富室者，率夺还之”，给事中戴凤翔收受请托，弹劾海瑞“庇奸民，鱼肉缙绅，沽名乱政”；御史房寰害怕贪污事泄，“先发制人”，说海瑞“大奸极诈，欺世盗名，诬圣自贤，损君辱国”，攻击可谓不遗余力。张居正厉行新法，遭谤甚多。辽东巡按刘台抢报军功，因“考成法”坐罚，上疏离间君相，满口“祖宗之法”，要求“抑损相权”；御史傅应祯曾行贿不成，也攻击张居正的新法，说什么“天变不足畏，祖宗不足法，人言不足恤”，“此三不足者，王安石以之误宋，不可不深戒”，极尽危言耸听之能事。
平心而论，刘台诸人未必不是在履行言官的职责，然而相比张居正、海瑞的公而忘私，就实在显得识见浅薄、等而下之。孔子曾谆谆告诫子夏：“女为君子儒，无为小人儒”。小人儒乃有才无德之辈，“以私灭公，适己自便”，甚至“挟才以为恶”，当然不能体会“虽千万人，吾往矣”的君子儒境界。比如董仲舒的“天人感应论”伸天以屈君，用心良苦，但到了后世小人儒手里，就只言“祥瑞”不见“灾异”，甚至“灾异”也变成“祥瑞”，成了其粉饰太平、拍马逢迎的工具，反而强化了专制皇权，教训不可谓不深。小人儒还往往成为改革创新的巨大阻力。对于新规惠政，蓄意阻挠者有之，阳奉阴违者有之，以致遮蔽了有利改革进展的有益对立面。