西汉始元六年(前81年)，汉武帝的财政管家桑弘羊在着名的盐铁会议上舌战群儒，发表了一通宏论，大意是，儒生们只知夸夸其谈而不切实际，表里不一，就像那些鸡鸣狗盗之徒一样，自古以来就是祸害。鲁国国君将孔丘驱逐，弃之不用，就因为他首鼠两端，貌似圆滑其实迂腐，并没有切合实际的主张。
基于同样的道理，秦始皇才烧掉儒生们的着作而使其言论不得传播，宁愿将他们活埋也不任用。(见《盐铁论》)之后，刘向在《战国策序录》中明确地提出秦始皇“坑杀儒士”。此后，《史记》中所说的“诸生”渐渐演变成“儒生”。
魏晋时期，伪书《古文尚书》中有篇“孔安国序”，序中说：“及秦始皇，灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士，逃难解散。”这大概是“焚书坑儒”一词的最早出处。这一说法被后世广泛引用，流传至今。
还原真相
先来说“焚书”。
焚书源于周青臣与淳于越的一段论争。
前213年是秦始皇在位的第三十四年，为了庆贺秦王朝修筑长城及取得南越地，始皇在咸阳皇宫里大宴群臣。
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有一个名叫周青臣的仆射借给皇帝敬酒的机会称颂始皇说：“以前，秦国很小，地不过千里，亏得陛下你神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。”接着，他又大赞郡县制，说秦始皇改诸侯分封制为郡县制，使国家无战争之患，人民得以久享太平。其功德从古至今没人能比。
周青臣的话虽然不无阿谀奉承的成分，但陈述的也基本上都是事实。不料，却引起了一个名叫淳于越的人的不满。
淳于越一向主张厚古薄今，认为古代的东西都是好的，当代的东西都是不好的。当他听周青臣赞美郡县制，贬低分封制时，奋然而起说：“我听说商周时代都因分封子弟而传国近千年，因为分封子弟功臣可以让他们与国君互相照应。如今始皇您富有四海却不分封子弟以作呼应，倘若出现像篡夺齐国政权的田常式的人物，那将何以应付?周青臣不向陛下您指出这一点，反倒当面奉承，不是忠臣!”
淳于越与周青臣并无过节，这场争论纯属观点之争，也有文人相轻的味道，本不应该产生什么实质的后果。不料此时丞相李斯却突然插了一杠子，使情况发生了质的变化。
李斯说：“三皇五帝治国各有其法，都搞得好好的。这是因为他们能根据天下大势，来用不同的政策。如今陛下创大业，建万世之功，愚腐的儒生不明其理，淳于越拿三皇五帝来举例，这值得去效法吗?那时候诸侯相争，大家都想招徕天下的读书人，现在天下已定，以法治国，老百姓致力农工业，知识分子要学习法律，这才是正道。现在这些儒生不从当下出发，反而以古代的例子说现在的不是，迷惑百姓，我冒死劝皇上：过去天下大乱，各执一词，才有诸侯并起，都借着古代说事儿，花言巧语没有一句是有用的，大家都尊崇乱七八糟的学术，而不是国家的制度。如果皇上统一天下，应该统一思想……臣请求：如果不是我朝撰写的历史都烧了，除非是博士官的职责，天下敢有藏诗书百家语者，都让地方官烧毁……”
李斯啰里啰嗦说了许多，中心内容只有一个，那就是应当厚今薄古，而不能以古非今，为此，他建议烧书，而且要以严厉的措施去执行。
注意，李斯要烧的是“秦纪”以外的历史着作，并没有建议秦始皇连儒家的《诗经》《书经》以及诸子百家的书全部都烧掉。
另外，在《史记·李斯传》中也提到了此事，司马迁转引李斯的话说：“臣请诸有文学、诗、书、百家语者，蠲除去之，令到三十日弗去，黥为城旦。所不去者，医药、卜、筮、种树之书，若有欲学者，以吏为师。”李斯对于那些诗书百家语，仅用了一个“去”字，并没有肯定地要“烧”。紧接着这段话还有一句：“始皇可其议，收去诗、书、百家之语以愚百姓。”注意这里是“收”而不是“烧”。
结合以上三段话，可以明显地看出，诗书以及诸子百家的书并没有烧，只是由秦王朝中央政权和相应的政府官员收藏，目的是为了“愚百姓”，而不是为了损毁。
《史记·萧相国世家》中的一段记载也可以证明秦始皇并没有烧书。这种记载是：“何(萧何)独先入收秦丞相、御史律令、图书藏之……汉王所以具知天下厄塞、户口多少、强弱之处、民所疾苦者，以何具得秦图书也。”意思是说，当初刘邦军队攻下咸阳城后，萧何先行没收了秦朝丞相、御史所藏的律令、图书;后来，刘邦坐了天下后，从这些图书中获得了天下要塞、户口多少、强弱之处、民所疾苦等等资料。
从这段话中中不难看出，秦始皇只不过下令收缴民间图书，藏在官府和学官之手，并没有将它们烧了，至少没有全烧了。否则，萧何收什么?汉代又怎么可能“得百家言四百二十篇”。
烧掉前代所着史书，无疑是不折不扣的文化犯罪，但事情应该一分为二，对于“烧尽天下书”这样的误解，还是应该澄清的。其实始皇也不是傻子，如果把书都烧了，上层建筑也就全完了，统治的基础同样会受到极大的动摇，他不会连这个都不知道。
如果说“焚书”不是烧尽所有的书，那么，“坑儒”又是否真的是“坑杀儒生”呢?也不完全是。
“坑儒”一事缘起于秦始皇三十五年(前212年)。这一天，嬴政驾幸梁山宫，随行的人马车骑甚众。把酒临风，驻足山顶时，秦始皇偶一抬头，发现丞相的随从很多，不由得皱了皱眉头。当时秦朝的丞相设左右两名，分别是李斯和冯去疾，不知超标的是哪位。这一细微的举动被随侍在侧的一个中贵人(宦官)发现了，这个中贵人与超标的这位丞相是朋友，就将皇帝对他的车骑过多似有不满这一情况泄露了出去。
