几天以后，秦始皇不知道如何听说了此事，于是大起诏狱，把当时在身旁的中贵人全部处死，弄得人人自危。随后就发生了侯生和卢生逃跑，四百多人被迁怒而丧命的事。
这杀死的四百六十多人都是些什么人呢?自西汉以后，人们几乎异口同声地说是儒生。然而，司马迁在《史记·儒林列传》中叙及这段史实，原文是说“及至秦之季世，焚诗书、坑术士”。术士不等同于儒生。术士者，方士也，是我国古代好讲神仙方术的人。如秦始皇时“入海求仙”的徐福，汉文帝时“望气取鼎”的新垣平，汉武帝时主张“祠灶”的李少君，自言能“致鬼”见李夫人的齐人少翁，等等。
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再者说，骗秦始皇钱财“以巨万计”的是方士，如率童男童女渡海求仙的徐福，以及诽谤秦始皇并逃跑的侯生、卢生，秦始皇为什么要拿儒生泄愤呢?退一步说，即使侯生、卢生是儒生，秦始皇也不会放过骗走他钱财的方术之士而单单去惩治儒生。换言之，根本没有证据证明秦始皇当年坑杀的都是儒生。
人们之所以认为秦始皇坑的是“儒”，有一个理由是司马迁在《史记·秦始皇本纪》中称所坑者为“生”，而司马迁在《史记》索引中的说“自汉以来儒者皆号生”，所以，“生”即“儒者”。其实，这明显是断章取义，因为汉代以前，方术之士也可以叫生，如《史记》中有载的安期生就是着名的术士。所以，秦代的“生”不完全是儒生。况且，“坑儒”是秦始皇去世一百多后才出现的说法，于是有人认为，“坑儒”应是西汉文人出于对秦始皇暴政的愤怒，而强加给他的不实之词。如章太炎、顾颉刚等人，就认为秦始皇并没有坑过儒，他坑的其实是“方士”。
至于“骊山坑儒”的历史记载，由于是个孤证，所以尚不能作为定论。
方士中可能有儒生
前面虽然论证了秦始皇并没有专门坑儒，但是所坑的“生”中，是否有一部分是儒生或准儒生呢?
据《史记·儒林列传》记载，秦始皇“焚书坑生”之后，其长子扶苏谏道：“如今天下初定，远方的人民未必心服。这些儒生(原文是“诸生”)都是学习孔子的，陛下这么严厉地惩罚他们，我怕天下百姓因此而恐惧不安。请皇上明察。”秦始皇闻谏大怒，把扶苏赶到遥远的北方边境，让他当蒙恬的监军去了。此举，导致了后来的沙丘之变。
司马迁在记载秦始皇咸阳坑生一事时，只是笼统地说“诸生”或者“术士”，扶苏在进谏时，则把“诸生”的意思解释得非常明白：“诸生皆诵法孔子。”——儒家代表人物孔子的徒子徒孙自然就是儒生。
为什么同一本书记述如此混乱呢?可能是因为秦始皇喜鬼神之事，派人到处求仙药，于是有一些儒生便投其所好，混进术士的队伍，本想借此博取功名利禄，不想却被秦始皇所坑，所以司马迁才说秦始皇“焚诗书，坑术士”。另外，方术之士多数也是读书人，可算是准儒生。更何况，一旦杀戮就可能伤及无辜，这些被坑的“生”中难免会有一些被错杀的儒生。
秦始皇“坑生”的行为对秦王朝的打击是巨大的。在司马迁看来，秦始皇“焚诗书，坑术士”，对当时人们研习“六艺”是个致命打击。陈胜吴广起义之时，山东一带的儒生毅然参加义军，孔子的八代孙孔鲋还做了陈胜的博士，后来与陈胜一起遇难。陈胜能够在一个月内就建立起自己的政权，这些儒生功不可没。
按理说，儒生应该是最维护君臣纲纪的一批人，此时却纷纷跟随陈胜造反，一方面或许是因为“焚诗书”式的文化专制政策剥夺了他们进行学术研究的权利，使他们无以为生，忍无可忍之下走上武装反抗之路。同时也应该与一部分儒生被杀有关。试想，假如秦始皇坑杀的都是些装神弄鬼、招摇撞骗的方术之士，不会对儒生们产生那么沉重的打击，所造成的社会影响也不会那么恶劣。
综合上述各点，我们可以得出如下的结论：秦始皇焚过书，但并非尽毁;发生咸阳的坑“生”事件，其矛头主要指向方术之士，但也波及到儒生。秦始皇并非如我们所认为的那样蛮横无理，他所作的事情都是有原因的。那些真实存在的事情虽然不能抹去，但通过揭示其背后的真相，可以帮助我们后人看清历史人物的真实面貌。希望世人对秦始皇的误解由此篇开始化解。
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