第三次开凿就是“京杭大运河”的最终形成，在十三世纪末元朝定都北京后。为了使南北相连，不再绕道洛阳，元朝花了10年时间，先后开挖了“洛州河”和“会通河”，把天津至江苏清江之间的天然河道和湖泊连接起来，清江以南接邗沟和江南运河，直达杭州。而北京与天津之间，原有运河已废，又新修“通惠河”。这样，新的京杭大运河比绕道洛阳的隋唐大运河缩短了九百多公里。
大运河最终成为沟通海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系的交通大动脉。
大运河至今仍发挥作用
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目前，京杭大运河自北而南流经京、津两市和冀、鲁、苏、浙4省，贯通中国五大水系──海河、黄河、淮河、长江、钱塘江和一系列湖泊；从华北平原直达长江三角洲，地形平坦，河湖交织，沃野千里，自古是中国主要粮、棉、油、蚕桑、麻产区。人口稠密，农业集约化程度高，生产潜力大。近代，京津、津浦、沪宁和沪杭铁路及公路网相继修建，与运河息息相通；沿线各地工业先后兴起，城镇密集，是中国经济精华荟萃之地。
唐朝诗人皮日休在《汴河怀古二首·其一》中咏道：“尽道隋亡为此河，至今千里赖通波。若无水殿龙舟事，共禹论功不较多！”
京杭大运河一向为漕运要道，对南北方的经济和文化交流曾起到重大作用。十九世纪海运兴起，以后随着津浦铁路通车，京杭运河的作用逐渐减小。黄河迁徙后，山东境内河段水源不足，河道淤浅，南北断航，淤成平地。水量较大、通航条件较好的江苏省境内一段，也只能通行小木帆船。京杭运河的荒废、萧条，是中国半殖民地半封建社会状况的写照。
解放后部分河段已进行拓宽加深，裁弯取直，新建了许多现代化码头和船闸，航运条件有所改善。季节性的通航里程已达1100多千米。江苏邳县以南的660多千米航道，500吨的船队可以畅通无阻。古老的京杭运河将来还要成为南水北调的输水通道。0
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如今，学界对于隋炀帝的评价已相对中肯客观了，对隋炀帝的死与京杭大运河的关系也做了约略的说明：
隋炀帝杨广（569年~618年），华阴人（今陕西华阴），生于隋京师长安，是隋朝第二代皇帝，唐朝谥炀皇帝……他在位期间修建大运河（开通永济渠、通济渠，加修邗沟、江南运河），营建东都迁都洛阳城，开创科举制度，亲征吐谷浑，三征高句丽，因为滥用民力，造成天下大乱直接导致了隋朝的灭亡，618年在江都被部下缢杀。
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