忽必烈率领的北路军也久攻鄂州不克，而忽必烈又急于回国抢夺汗位，正好南宋权臣贾似道背着朝廷前来议和，正中忽必烈下怀，双方签定议和协议后，忽必烈便率蒙古军撤退争汗位去了，至1260年，所有入侵南宋的蒙古军全部撤退，第二次蒙宋战争以蒙古大汗蒙哥战死，三路大军无功而返告终，但贾似道私自与忽必烈议和，为以后埋下了祸根，蒙古内乱与南宋奸臣当道。
蒙古大汗蒙哥战死于合州后，他的两个弟弟忽必烈和阿里不哥为争汗位打了起来，1260年，急忙从鄂州前线赶回来的忽必烈和他的弟弟阿里不哥分别在开平和蒙古国首都和林自称大汗，双方因此展开了长达四年的内战，1262年，掌管山东的汉族军阀李檀又起兵反叛，并与南宋取得联系，蒙古局势一时非常混乱。
蒙古内乱本来是南宋的好机会，可是南宋这几年都干了些什么?奸臣贾似道本是市井一混混，凭借外戚身份，竟位极人臣，专横跋扈，在鄂州前线，本来忽必烈急于回蒙古争汗位，南宋是掌握主动权的，而贾似道竟私自与忽必烈签定对南宋极其不利的和约，回临安后，其又编造打败忽必烈的谎言，更博得皇帝的信任，贾似道此人外强中干，表面嚣张，内心非常惧怕蒙古人，其残害正直的大臣，尤其是一些抗蒙将领都被他关进了监狱，抗蒙名将向士璧，曹世雄更是被贾似道害死在狱中，而他还大肆启用一些只会拍马的庸人。
趁蒙古内乱和贾似道营造的太平气氛，杭州的君臣又过起了醉生梦死的生活，岂料大难即将来临，南宋之亡，始于贾似道，
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襄樊保卫战 忽必烈在平定李檀叛乱后，于1264年又彻底击败阿里不哥，从而结束了蒙古4年的内乱，而反观南宋，在贾似道一手遮天下，名将被杀，军政日趋腐败，于是，忽必烈将灭亡南宋作为头等大事，也就在这个时候，南宋四川守将刘整见其他将领被害，为求自保，率所部向蒙古投降，刘整本为孟珙部将，深得孟珙所传，而其所部水师更是精悍，也因此蒙古终于得到了梦寐以求的水师，而后，为表忠心，刘整又向忽必烈提出了先取襄阳，再攻临安的亡宋战略，被忽必烈采纳。
1268年，蒙古以阿术为主将，刘整为副将率领蒙古军队和降蒙的南宋水师攻打襄樊，襄樊保卫战拉开序幕，襄樊自1239年被孟珙收复以来，一直被南宋苦心经营，城防相当坚固，兵多粮足，蒙古军开始进攻重点是樊城，用尽各种办法，都无法破城，1271 年，忽必烈又从四川增兵，襄樊两城所受压力越来越大，到1272年，襄樊已被围五年，粮食已基本耗尽，但两城军民依然斗志昂扬，元兵始终无法破城，同年，南宋大将李庭芝派张贵，张顺率3000士兵，携带城内急需物资，成功突破元兵的包围，冲进了襄阳，这是五年内第一支进入襄阳的援兵，极大鼓舞了全城军民的士气，此后，襄阳宋军与外围的宋军取得联系，双方约好共同夹击元军，只是有叛徒向元兵投降，出卖了这条计划，致使襄阳宋军遭到元军埋伏，损失惨重，再也无力反攻，至此，襄樊保卫战对蒙古已是极为有利。
1273年，元军终于攻破了樊城，守将范天顺，牛富自杀与城共存亡，襄阳已孤立无援，守将吕文焕向元朝投降，历时6年的襄樊保卫战以襄樊失陷而告终，南宋的门户被彻底打开。
谢太后投降 早在1271年，蒙古大汗忽必烈就称皇帝，改国号为元，1274年，忽必烈下令元兵自汉江入长江，沿长江东下，一路上南宋将领纷纷投降，到1276年，兵临临安城下，谢太后和宋恭宗出城投降，南宋气数已尽。
厓山，悲壮的决战，恭宗投降后，南宋余部一直在坚持抵抗，大将李庭芝还在坚守扬州，陆秀夫，张世杰在福州拥立端宗为帝，文天祥则在江西一带发展反元势力，一度控制了不少城池。
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李庭芝在扬州虽遭元军围困，也一直不投降，后粮草用尽，于是突围，想去福州与陆秀夫会师，在泰州被元军打败，李虽被俘，仍不投降，最终被元军杀害，文天祥在江西的壮大引起了元朝的重视，元军主力南下江西，文天祥不敌，只得退到广东，后在广东潮阳被南宋叛奖张弘范抓获，虽然元朝百般诱惑和威逼，天祥至死不降，并写下"人生自古谁无死，留取丹心照汗青，"这样千古传诵的诗句和《正气歌》这样的光辉诗篇，最终，天祥也被杀害了。
在福州的南宋小朝廷，后来不断南迁，途中端宗去世，陆秀夫又立九岁的赵昺为帝，而南宋小朝廷一直坚持在广东沿海抗元，1279年，元军与宋军在厓山展开了最后的决战，混战几天后，宋军不支，张世杰与陆秀夫决定撤退，此后，宋军的船队被元军冲散，陆秀夫不愿被俘虏，眼含泪水背着小皇帝跳海自杀，残余的宋军和官员也纷纷跳海殉国，至此，南宋彻底灭亡，1279年，元朝统一中国。
南宋抗蒙50多年，比他强大的金不到30年就灭亡了。如果拿南明抗清短短的20年则更明显了，可见南宋的防御体系并不单单依靠了长江天险这么简单，军事防御体系上有他自身的优点。
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