狭隘农耕阻碍全面发展
战国是中国古代商品经济得到相当发展的时期，城镇工商业空前繁荣，货币经济也全面铺开，新兴起一个令人刮目的工商业阶层，部分富商大贾已可与贵族王侯分庭抗礼。商品货币经济得到这样高度的发展，必然对整个社会发展产生巨大影响。比如说它能促进私有经济的进一步深化蔓延，促进社会秩序在市场经济竞争中进行贫富贵贱的合理调整，从而促发人性的逐步觉醒，改变人们价值观念的取向，并在此基础上发生社会格局崭新的变革。秦国在公元前378年“初行为市”。然而就在这个起点上，商鞅变法中严厉的摧抑私营工商业的政策，将这一社会发展的重要契机，扼杀在襁褓中。在东方诸国出现众多商业都会的情况下，秦国这方面的发展却几乎等于零。
加上其强化土地国有制等措施，完全堵绝了当时的私有制经济发展之路，将其社会的经济结构完全封固僵化起来，极其有效地稳固了君主专制统治体制。抑商政策在漫长的封建社会中为统治者所长期奉行，极大地阻碍了古代社会的正常发展，由此而形成的轻商贱商不良传统，至今还需要我们花大力气给予纠正，而商鞅正是始作俑者。可以认为，抑商政策扼杀了社会中的变革因素，它是一项极为反动的经济政策。
一般都认为，商鞅变法奖励耕织的措施，解放了生产力，促进了经济的发展。其实这论点只看到事物的表面，是十分肤浅的。变法将农业生产发展建立在摧抑私营工商业和愚民政策等项措施之上，这必然为农业生产的进一步拓展，尤其是国家整体经济的长远发展套上枷锁，而这方面恰恰是问题的实质所在。
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《商君书·垦令篇》要求：“使商无得籴，农无得粜”，禁止正当的粮食贸易流通渠道。“重关市之赋，则农恶商。”用提高关税来压制农民经商，从而杜绝农业方面的商品生产。“废逆旅”，禁止农民从事开设旅店等副业以增加收入，更是减断了各地经济文化的交流。“壹山泽”，国家垄断山泽之利，不许人们开发利用。“无得取庸”，甚至不允许富裕人家雇佣帮工。只要农民“愚则无外交”，并在“重刑而连其罪”的强控制下专一农耕。这实在是一种极其狭隘的农耕经济观，是一种强迫生产力只得单一从事农业的短期行为。这种狭隘农耕观一旦实施于国家的经济政策，在短期内或许会有些“效益”，有所谓“家给人足”之誉。但从长远来看，它必将窒息国民经济的全面发展，也会反过来阻碍农业生产的长足进步。这种狭隘农耕政策传统的影响，以后也长期严重危害中国经济的正常发展。
焚书禁学的愚民政策
商鞅变法中没有任何改变奴隶地位的举措，恰恰相反，却在某种程度上积极推行，乃至发展了一些奴隶制度。如“事末利及怠而贫者，举以为收孥”。按军功、家次分配“臣妾”，“爵吏而为县尉，则赐虏六。”(《商君书·境内篇》)《商君书·垦令篇》要求：“以商之口数使商，令之厮、舆、徒、童者必当名。”即官府录有商家奴仆的名册，令其按顺序到官府服役。如此等等的奴隶制度，都是商鞅的新举措，并非沿袭旧制的某些做法。变法后，秦国的奴隶数量大增，使用也较普遍，这方面《云梦秦简》诸史料上有详尽反映，乃至秦、汉二代成为中国历史上奴隶数量最多的时期。诚然，我们也并不由此而认为秦、汉是奴隶社会，而奴隶数量的大量增加，至少是社会奴役方式的局部倒退。这一倒退，虽还有其他社会因素，但与商鞅变法中的这些举措应有密切联系。
《商君书·垦令篇》还规定：“使民无得擅徙”，任何人临时外出，也得有政府开验的证明文书，否则连旅店也不能借宿，“商君之法，舍人无验者坐之。”(《史记·商君列传》)以此来禁止人口的合理流动，阻隔各地经济文化的交流，将人们的视野局限在极其狭小的天地中。《农战》诸篇要求人们除了积极从事农业耕耘与参军作战之外，必须舍弃杜绝其他一切社会生计与文化生活，“诗、书、礼、乐、善、修、仁、廉、辩、慧”之类都在禁绝之例，与焚烧诗书、禁止游学诸措施配合，把民智、民力限制在一个极其单调、简陋的世界里。这种政策使本来已日渐活跃、不断昌盛的社会再次封闭僵滞起来，要民众在相当蒙昧的状态下，听任统治者的摆布，无法萌发自己的创造力。这样的社会状况，在古代乃至近代给我们中华民族所造成的各类劫难，难道还不够惨痛吗!
短期效应不足为训
《史记·商君列传》赞誉变法道：“行之十年，秦民大悦，道不拾遗，山无盗贼，家给人足，民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治。”其实在严酷的强控制统治之下，一时取得这些“成绩”并不奇怪。在如此高压统治下所获得的社会暂时安定局面，只是一种虚假的表象，并不值得称道。
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尤其是商鞅那“天资刻薄”的个性，在秦国处境日渐孤立，每次外出都要“后车十数，从车载甲，多力而骈胁者为骖乘，持矛而操戟者旁车而趋，此一物不具，君固不出”。(《史记·商君列传》)在如此严密残酷的统治之下，商鞅的神经还这样紧张，每次外出都如临大敌，害怕别人暗算已到了杯弓蛇影、草木皆兵的地步，其统治愈益不得人心的境况已不言而喻。孝公一死，商鞅即遭车裂之祸也就很自然了。由于变法对君主专制统治和增强军事力量都很有作用，所以“及孝公、商鞅死，惠王即位，做法未败也”。(《韩非子·定法篇》)而秦奉行商鞅之法，虽后得军事统一，却很快二世而亡，便是最好的注解。
