长沙方面对曾国藩已无可指摘，反而渐渐萌生敬重之心。但中央政府方面却给了曾国藩几记响亮的耳光。
湘潭大捷后，骆秉章要上报朝廷，曾国藩阻止。他说：“你报湘潭大捷，那就要报靖港之败，不能只报喜不报忧。”骆秉章慌忙把这个差事推给曾国藩说：“那你来报吧，况且仗也是你打的。”
曾国藩这一招叫暗度陈仓，骆秉章是湖南巡抚，在湖南发生的任何事只有他有权力上报，特别是战事。曾国藩现在是把上报的权力悄无声息地夺到了自己手上，他以为这次能垄断向上汇报的信息渠道，但是他想错了。
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曾国藩向咸丰上书说：“这次在湖南的两场恶战，可谓惊心动魄，实在让我大感意外。湘潭之战完败长毛贼，可恨的是靖港之战却颗粒无收，我深知有罪，请皇上治我罪。”
咸丰皇帝拿到曾国藩的上书，皱眉不解。他有点看不明白，于是问身边的人：“曾国藩向来标榜诚意，你们觉得他这字里行间是真情实意吗？”
有人站出来说：“前段时间风传，曾国藩以一在籍绅士，短短时间就凑齐了一支军队，可见能力强大，志气也不小。如今他打了这样大一个胜仗，咱们要小心啊。”
咸丰皇帝“呸”了那人一口：“你这种人真是犯贱，羡慕嫉妒恨，搬弄是非，见不得别人好。曾国藩能有什么别的心？不过他这封信倒是很不诚意，他是否有罪，我做皇帝的说了算。他凭什么耍这种小聪明？！”
咸丰耍起小聪明来比曾国藩厉害十倍，所以他采取“大棒加胡萝卜”来对付曾国藩。他必须要让曾国藩知道，在他面前耍小聪明是自寻死路。做他咸丰的臣子，无论你有多能耐，老实本分、以诚为本是基础。
第一大棒：下旨训斥曾国藩，你是不是昏头了？你的罪固然很大，总要听朕的处分，岂有自己给自己定罪的道理？我觉得你有这种想法时肯定是心如飘萍，漫无定见也。
第二大棒：你既然有自知之明，说自己有罪，那我就革了你的礼部侍郎职务，赶紧戴罪立功，剿灭叛匪。
第三大棒，最严厉。咸丰把曾国藩的手下塔齐布升为湖南提督，统辖湖南全省军队，这无疑是把塔齐布凌驾到了曾国藩之上。
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庆幸的是，塔齐布从无二心，始终听命于曾国藩。
揍了曾国藩三大棒后，咸丰又给了曾国藩一根胡萝卜：朕赏你独立奏事的权力，你要珍惜，不可等闲视之。
事到如此，曾国藩哪里还敢等闲视之。他上奏疏说，自己感激得鼻涕一把泪一把，发誓必歼太平军，保卫大清江山万年不倒。
和咸丰皇帝过招之后，曾国藩把注意力集中到湘军上。他认真总结了岳州、靖港和湘潭三次战役的经验教训，最终认定失败的根本原因是功罪不清、赏罚不明。要扭转这种情况，必须从明晰赏罚、严肃军纪做起。
曾国藩一想到在靖港之战中，那些士兵不顾其命令冲过令旗的场景时就气得浑身发抖。这种士兵在湘军中不胜枚举，无组织无纪律，心中只有自己的狗命，根本没有统帅的军令。他根据各营在这几次战斗中的表现，把一些没有奋勇向前的士兵全部解职。
留下来的都是敢打敢拼的士兵，曾国藩又对他们进行思想政治教育，让他们知道世上的确有军纪这回事。如果你不拿军纪当回事，那我曾国藩就不把你们的命当回事。你们既然想在湘军中闯出一片天下，那就必须唯我曾国藩马首是瞻。要想追随我曾国藩升官发财的，必须为我卖命，不允许任何人滥竽充数。
同时，曾国藩注意到了自己的弱点，那就是优于谋划，拙于指挥。所以他在指挥系统上做了很大的改革。从前，湘军的编制最高一级为营，曾国藩直接指挥营。现在，营以上设立统领，统帅两营或数营。这些统领就是团长、旅长。有了这样的编制，使得湘军的兵力更容易集中，容易适应战阵形势的变化。
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最后，曾国藩花大价钱购买了更多的西洋炮。在湘潭之战中，正是因为西洋炮的威力才取得了胜利，曾国藩自此后深深地迷恋上了大炮，这也是湘军后来能击败太平军的一个重要的技术原因。