经过40年的勘探和发掘，目前秦始皇帝陵共发现陪葬坑188座，绝大部分并未进行发掘，兵马俑一二三号坑是发掘较深入的几个，但也还有大量工作没有完成。墓坑数量最为集中的区域就是陵寝内城的小型墓园，被称为“秦始皇陵的辅葬遗存”。
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所有小墓葬的墓道都直直地指向封土堆，99座小墓，考古人员发掘了10座，种种细节不仅显示出死者殉葬的惨状，也印证了史料上关于后宫为始皇陪葬的记载和秦始皇一人独尊等级森严的观念。
秦始皇帝陵博物院考古部副主任张卫星介绍，在墓道填土里发现了不同数量的乱葬人骨，应该和年轻女性有关系，且残缺不全，说明陪葬者是在别的地方被处死，然后简单的被埋在墓葬的填土里，而不是墓室里，从葬行为残酷、血腥。
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考古发现地下皇城仿照秦国都城咸阳建造，大体呈回字形。有内外两道城墙，很多重要的遗迹分布在两条轴线上，总共9座城门都在南北轴线上。虽然城门并不是在城墙的正中间，但是其连接线交汇的地方直指帝陵封土堆的核心。
庞大的陵寝建筑占地面积达到17万平方米，相当于20多个足球场的面积。道路作为遗址的骨架也在此次考古发掘中得到了精确定位，由石头铺就的环形和十字形道路系统。体现了秦始皇的权利和等级观念。
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秦始皇陵的营建，每一个步骤都是一项重大的学术科题，需要不断地深入研究。随着考古勘探与不断研究，结合最新科技进行探测，相信对于秦陵之谜一定会得到更科学更确切的结论。