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阿敏获罪后，皇太极又把目标转向正蓝旗旗主莽古尔泰。天聪五年(1631年)，围困大凌河时，莽古尔泰因兵丁损失严重与皇太极发生冲突，并在“御前露刃”。战后众贝勒公开议处莽古尔泰“御前露刃”的罪名，削其大贝勒名号。第二年底，莽古尔泰暴毙，皇太极将正蓝旗交给其弟德格类。天聪九年(1635年)，德格类又离奇暴毙。在其死后不久，莽古尔泰胞妹莽古济一名属下告发莽古尔泰生前谋逆，从而爆发了吞并正蓝旗事件。吞并了正蓝旗后，皇太极把正蓝旗与正黄旗混编后，重新组成新的正黄旗、正蓝旗，并把正蓝旗交与长子豪格统领。
皇太极改元称帝后，为了限制诸贝勒权力，严格限制护卫数，规定每旗可选护卫20人，代善违背定制，多选了20个护卫。此事被揭发后，皇太极大肆发挥，于崇德二年(1637年)七月，召集诸贝勒大臣，当众指斥代善“阳为恭谨，阴怀异心”。皇太极通过这一系列的行动，沉重打击了代善，使其势力受到严重削弱，威望也大大下降，皇太极打压两红旗的目的也最终实现。
