在平定三藩叛乱的战争中，孝庄太后也起到了举足轻重的作用。孝庄皇太后拨出宫中金帛加以犒劳，她特别支持康熙平乱。她提倡节约，这也影响了康熙、雍正两朝。康熙皇帝及群臣要给她加上徽号，孝庄太后说：“自叛逆以来，到今天已有八年，皇帝焦心劳思，故得盗寇削平，海宇宁谧。皇帝应受尊号，以答臣民之望。我处深宫之中，受此尊号，于心未惬。此典礼不必行。”她说都是皇帝的功劳。
康熙二十四年八月，孝庄太后突然右侧身瘫痪，言语不清。玄烨得知此事时，正在外地巡视，他昼夜兼程赶回。期间特别关心孝庄太后的病情，十六天中，看望祖母达三十次。康熙二十六年十一月，孝庄太后又一次病倒，且病情甚重。玄烨昼夜守候在祖母的病榻旁，衣不解带。他“遍检方书，亲调药饵”。每次祖母吃药前，他先“亲尝汤药”。为了祖母的病情，可谓是尽心尽力。期间他传谕内阁：“非紧要事勿得奏闻。”并决定祈祷上天保佑祖母早日康复。
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他不骑马，不乘轿，步行到天坛以示诚心。他跪在地上，面对上苍，虔诚地恭读自己亲自撰写的祝文。嗣天子臣玄烨敢昭告于皇天上帝曰：“臣仰承天佑，奉事祖母太皇太后，高年荷庇，藉得安康。今者，疹患骤作，一旬以内，渐觉沉笃，旦夕可虑。臣夙夜靡宁，寝食捐废，虔治药饵，遍问方医，罔克奏效，五内忧灼，莫知所措。窃思天心仁爱，覆帱无方，矧臣眇躬，夙蒙慈养。忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下二十余年，鞠养教诲，以至有成。设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立，罔极之恩，毕生难报……”
玄烨读罢祝文，早已泪流满面。他发自肺腑的祷文，使得在场的臣子无不落泪。不难看出，康熙大帝之所以能有作为，开创清王朝的鼎盛时期，其中也有孝庄文太皇太后的一份心血。
4、葬不从夫
孝庄太皇太后的性命并没有因为玄烨的至孝而留下，康熙二十六年十二月二十五日，孝庄皇太后薨于慈宁宫，结束了她丰富曲折的人生，时年七十五岁。孝庄皇太后生前就为自己葬地之事留下了遗嘱。她谆谆嘱咐康熙皇帝：“我身后之事特嘱你：太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时不便合葬。若别起茔域，未免劳民动众，究非合葬之义。我心恋你们父子，不忍远去，务必于遵化安厝，我心无憾矣。”由于康熙皇帝一向孝顺祖母，所以在孝庄太皇太后死后，康熙遵照遗嘱，将祖母安葬在了遵化的东陵附近。
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因为康熙帝玄烨对祖母的敬爱与思念，他在悲痛欲绝之时给祖母大办丧事，甚至不惜违背祖制。在清朝只有先帝驾崩，嗣皇帝才能割发辫，可玄烨毅然割了发辫。二是孝服用布。满洲旧制：国有大丧，皇帝及宗室公以上，孝服俱用素帛。而这次孝庄太皇太后丧事，玄烨一改旧制，谕令“今孝服俱改用布”。
后宫的三千佳丽中，只有皇后是皇帝的正配。皇后是后宫之主，但并非都是母仪天下的典范。千百年来，这些高贵的女人可谓百花齐放：她们有的可助君治国，有的阴险毒辣，有的和顺懦弱。孝庄太后的功绩却是历代任何一位皇后都不能与之相比的。孝庄太后完全有能力成为中国第二个武则天，但孝庄太后却没有那样做，只是为了辅佐自己的儿子和孙子，着实是最让人敬佩的。
