成为阶下囚的刘瑾装出一副可怜相来，向武宗求情。张永怕武宗心软饶恕刘瑾，极力鼓动武宗亲自去抄刘瑾的家。在刘瑾家里，武宗亲眼看见了刘瑾私刻的印玺、衮龙袍、玉带等违禁之物，还有大量衣甲、弓弩等兵器，在刘瑾常不离手的扇子里，发现藏有两把锋利的匕首。这下武宗相信了：“这个奴才果然要反!”
刘瑾被凌迟处死了。当时规定：凌迟要割3357刀，还不能让犯人中途死掉。刘瑾的行刑过程持续了三天。第一天先割357刀。许多受害人亲属花一钱买其一片肉，去祭奠死者，也有生吃刘瑾肉以泄愤的。
刘瑾被处死之日，也就是承恩寺动工之时。大概正是由于这样一场变故，承恩寺才在刚建成之后，就山门紧闭的吧。
