人祸之外，还有天灾。
几乎同步于横行陕甘的饥荒、崇祯年间的华北大鼠疫也同时发作，并且在崇祯十四年登陆北京城。瘟疫抵达北京后，北京人口大幅下降，即使太医院参与救急也无济于事。而京营也饱受肆虐，整个军营因为瘟疫使得非战斗减员人数急剧上升，“大疫，军死者甚众”，仅存的士兵也羸弱不堪，将官前去集合，士兵们都坐卧不起，“鞭一人起，一人复卧如故”。整场瘟疫造成了北京人口四分之一死亡，而士卒也损失过半。
不过惊奇的是，在李自成到达北京以后，瘟疫却得到了控制，1643年到1644年的寒冷天气到来也让瘟疫最终停止了传播。不过京营却在崇祯十七年的三月份，与崇祯帝一起，成了历史中的一串文字。
上图_ 闯王进京
明末的京营改革极富代表性，很多关键的改革也都如同京营改革一样，要么半途而废，要么无法根治，更多的，是利益集团盘根错节、使得改革不能进行深入，而一场大战或者大变革，便能使得改革成果流产，再加上崇祯时代的西北大干旱让农民军有近乎无限的兵源、瘟疫和关内外持续的战阵却不断消耗着明军实力，此消彼长之下，只能走向覆亡。
