雍正五年，岳钟琪再领“宁远大将军”印，平定了蒙古噶尔丹策零在沙俄支持下发动的叛乱。岳钟琪镇守边关，可谓定乱丰功，威名远扬。
岳钟琪此时功名已著，不免有树大招风，尤其是此时清朝已统治近百年，天下已太平，正所谓“狡兔死，走狗烹”。
雍正十年(1732年)十月，雍正借口岳钟琪进击准噶尔部不力，以“误国负恩”加以免官拘禁。
雍正十二年(公元1734年)，在还没有找到岳钟琪其他罪行的情况下，岳钟琪被议罪“斩立决”。也许是觉得事情做得太急，在岳钟琪即将成为第二个冤死于“莫须有”罪名的岳飞时，雍正“法外施恩”，改了“斩监候”。
雍正十三年(公元1735年)，雍正帝意外猝死，乾隆继位。过了两年，即乾隆二年( 1737年)，51岁的岳钟琪在经历了5年的牢狱监禁后，终于得释。
不久，四川大小金川等地叛乱再起，当地将领久战无功。无奈之下，乾隆十三年(1748年)，乾隆只好起用已经做了十年平民的往昔名将岳钟琪，再次授其为四川提督，赐孔雀翎。
随后，岳钟琪参与大小金川之战，献南北夹击、直捣中坚之策，被经略傅恒采纳，并以13骑入勒乌围(今四川金川东)大营，劝导大金川土司莎罗奔父子归降。
乾隆十五年(1750年)，西藏珠尔默特那木札勒叛乱，时年64岁的岳钟琪奉命出兵康定，会同总督策楞，成功讨平叛乱。
乾隆十九年(1754年)，岳钟琪抱重病出征镇压陈琨时，病卒于四川资州，后葬于成都，时年68岁。乾隆帝手谕褒勉，赐谥“襄勤”。
在整个清朝，作大臣的汉人被拜为大将军，就连满族士族也听命于他，仅仅岳钟琪一人。在平定青海叛乱中，盖世功勋，72万平方公里的青海全部隶属清朝，逐准安藏，建立大功，123万平方公里的西藏纳入大清版图。
乾隆皇帝在他的怀旧诗里，把岳钟琪列为清朝五功臣之一，还称赞说：“三朝师武臣，钟琪为巨擘。”
