看起来这件事结束了，实际上这还只是开始。这一年是正德十六年。
嘉靖三年，关于朱厚熜的“爸爸去哪了”再次起了波澜。此时的朱厚熜已经坐稳了皇位，急需一帮自己的嫡系为自己打天下。像杨廷和这帮人早就看不顺眼了。
张璁等人在南京上疏重提旧事，这正好遂了朱厚熜的心。朱厚熜让张璁等人进京，负责处理自己父亲的称号。而此时杨廷和看到时代不同了，就要求致仕。
朱厚熜与杨廷和在此和平分手，嘉靖朝进入了新的时期。
嘉靖三年七月，朱厚熜父亲上尊号“皇考恭穆献皇帝”，九月称孝宗皇帝为“皇伯考”。
朱厚熜算是给自己在历史上正名了。但这还不算完，还得对朱棣的庙号做更改。因为自己是非嫡子继位，跟朱棣一样都属于小宗入大宗。大宗就是嫡长子继承制，其他的是小宗。
当时太庙里面已经有了八个牌位，把他父亲兴献王睿宗放进去刚好九个。明朝规定，太庙只能供奉九个牌位，多的就只能去偏殿。而这个多，就要挑关系最远的人。将来自己死后，太庙的牌位就不够了。将来自己要是进了太庙，肯定要搬出去一个。这个时候肯定就是朱棣被搬出去，那就又要起争议了。为了不让朱棣被搬出去，就得给朱棣换一个庙号，这就只能是“祖”。因为只有“祖”才能永远得到供奉。
所以，为了让自己更加的名正言顺，就改明太宗朱棣为“成祖”，谥号为“启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝”。而为了让自己进太庙，就先让自己死的皇后占了一个位置。如此，自己死后被搬出太庙的就只能是明仁宗朱高炽了。
